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课前准备(分子动力学visium)--骨骼健康与修复中骨淋巴管的多模式证据

### 作者,Evil Genius ![](https://developer.qcloudimg.com/http-save/10067361/4db12f152008245faaf4f4bef895380f.webp) ### 其实无论是[分子对接还是分子动力学](https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/s/KV_9aPFGzktNPnA8Bt-hmw),都需要我们采用服务器操作,所以大家对linux和python要有一定的基础,其中autodock vina和Gromacs需要大家会操作Linux,pyrosetta需要大家会python,大家可以看一下[2025番外--linux、R、python培训](https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/s/8E1vYJMNhe5m0DXieBHfzA),希望参加培训的同学全流程学会,一劳永逸解决这个组学的分析问题。 ### 无论做什么事情,我们先把事情做好,再说其他的内容,我认为这个内容非常重要,基本都看的英文版本,总结了很多内容,即使只有一个人参加培训,我也想好好全流程梳理一下,报名后课程取消也不用担心,大家不会有任何的损失,可能是这个内容大家不需要?目前一个人报名都没有,可能要取消了😄。 ### 不过还是那句话,要学好好学,不学就算了,掌握技能和好的心态起码占一样,不要花费了金钱精力时间,还没学会,不如好好玩两个月,回来花钱让公司做了。 ### 今日参考文献 ![](https://developer.qcloudimg.com/http-save/10067361/ef6eb6f08ec07542bd304b7c00ccde87.webp) ### 引言:争议背景与研究意义 ### 历史争议:由于骨组织矿物化、抗体穿透难、成像深度有限,骨内是否有淋巴管长期存在争议。 ### 前期工作:此前已用转基因小鼠和光片显微镜提供了直接证据。 ### 后续支持:多项独立研究也从单细胞转录组、病理模型、修复模型等角度证实骨淋巴管的存在和功能。 ### 争议焦点:Meng等人使用特定小鼠模型和检测方法,声称未检测到骨淋巴管。本文旨在用多模态数据回应这些质疑。 ### 空间转录组学确认骨中存在Prox1+内皮细胞(ECs) ### 分析两个独立的空间转录组数据集(Mathavan et al.骨折模型;Rios et al.骨折愈伤模型)。 ### 在骨皮质、骨髓腔、愈伤组织、再生编织骨中均检测到Prox1+Pecam1+/Cdh5+且Ptprc-的细胞。 ### 这些细胞共表达其他淋巴管标记(Flt4、Reln、Ptgs1),且邻近骨细胞(Runx2/Bglap+)。 ### 结论:空间转录组在完整组织原位证实Prox1+ LECs存在于骨内。 ![](https://developer.qcloudimg.com/http-save/10067361/adcf8dd113ab593dc311ed1741ffc71e.webp) ### 基因小鼠模型中淋巴管检测与重组效率评估 ### Meng等人使用的Dre/Cre系统需较长诱导时间,文献表明Dre重组慢于Cre。 ### 前期研究(Han et al., Liu et al.)分别用4天(胚胎)或6-12周(成年)诱导,而Meng等人仅用5天。 ### Meng等人的数据中,肌肉和关节(公认淋巴丰富区)几乎无tdTomato+信号,提示其重组或检测流程存在根本性问题。 ### tdTomato本身亮度极高,若依赖免疫染色检测则进一步说明其抗体穿透或组织处理不足。 ### 延长诱导仍无法有效提高重组效率 ### 即使延长至1个月,肌肉中仍仅见稀疏淋巴管标记。 ### 骨内同样仅见零星Prox1+细胞,且缺乏LYVE1表达和连续管状结构。 ### 关节区域被刻意裁剪,无法评估。 ### 结论:数据不支持Meng等人“骨内无淋巴管”的结论,反而表明其小鼠模型重组效率低下。 ![](https://developer.qcloudimg.com/http-save/10067361/8e72af5aa718c7187b07b59eb294d6a9.webp) ### scRNA-seq数据集证实小鼠骨骼和骨髓中存在淋巴管内皮 ### 重新分析Li et al.(骨髓基质)、Baryawno et al.(骨髓冲洗)、Hanai et al.(下颌骨/股骨)等多个数据集。 ### 在所有数据集中均稳定鉴定出Prox1hi、Cdh5+、Pecam1+、Flt4+、Lyve1+、Ptprc-的典型LEC群体。 ### 即使在仅冲洗骨髓腔(未消化骨皮质) 的样本中也能检出,说明LECs是骨髓腔固有的,非污染。 ### 软组织内皮图谱同样难以检测LECs,说明技术局限而非骨特异性问题 ### 分析骨骼肌、肾、脑等公认含淋巴管的软组织scRNA-seq数据,发现Prox1+细胞同样稀疏或不成簇。 ### 说明当前单细胞技术对低丰度、难解离的LECs存在普遍性检测困难。 ### 骨中能反复稳定检出LECs,反而是其真实存在的有力证据。 ### 骨膜不是Prox1+ LECs的充足来源 ### 分析骨膜单细胞数据,其中Prox1+细胞极少,且缺乏Lyve1表达。 ### 数量上远不足以解释骨和骨髓中检测到的LEC群体。 ### 骨膜来源的细胞无法形成独立LEC簇。 ### 结论:LECs不是来自骨膜污染。 ### 人类骨骼scRNA-seq也确认LECs存在 ### 分析人类胚胎下颌骨(Wang et al.)、成人股骨头(Bandyopadhyay et al.)、髂骨骨髓等数据集。 ### 在所有数据集中均鉴定出PROX1hi、CDH5+、PECAM1+、PTPRC-的LECs。 ### 检出率受样本部位、测序深度影响,但多个数据集中均能稳定出现。 ### 领域通用方法论考量 ### PROX1是淋巴管主调控因子,Prox1-CreERT2-DTA消融是功能研究合理策略。 ### 淋巴管标记物(LYVE1、PDPN、PROX1)无单一绝对特异,但组合使用+三维形态+连续性+全骨背景可可靠识别。 ### 全骨制备物用于scRNA-seq和蛋白质组学是领域标准方法,广泛接受。 ### 病理相关谱系示踪不能推论生理性淋巴管 ### Meng等人的Pik3ca激活模型诱导的是病理淋巴增生,而非正常淋巴管。 ### 对照小鼠肌肉中无淋巴标记,Pik3ca激活后才有强信号,说明该模型选择性标记异常增殖的淋巴细胞,不能用于否定正常骨淋巴管。 ### 关节区域被裁剪,无法评估正常淋巴管。 ![](https://developer.qcloudimg.com/http-save/10067361/a5a1a1a3c81e3622136474e99e7dd3bd.webp) ### 组织透明化和成像限制影响解读 ### Meng等人仅提供4张低质量光片图像,且存在以下问题: ### 阳性对照(Cdh5-CreER;R26-tdTomato)中骨骺缺失、大片区域无血管信号,说明透明化不彻底、抗体穿透不足或成像深度不够。 ### LYVE1染色在骨皮质和骨髓中完全无信号。 ### 作者团队的高分辨率光片图像清晰显示LYVE1+CD31+的管状结构,形态上区别于LYVE1+CD45+造血细胞,且位于骨基质内(胶原I+)。 ![](https://developer.qcloudimg.com/http-save/10067361/ca6110e77075ca99bddb9ef240a0fbd6.webp) ### 生活很好,有你更好。

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一种新的告警收敛方式“先知预警”,为您的系统健康护航 | 京东云技术团队

前言 简介 买基金,上京东 基金交易系统是用户使用京东金融APP进行基金交易的核心支撑系统,每天有数十亿元的交易额。 在大额的交易面前,系统的稳定性尤其重要,同时基金业务比较复杂,为保障每个地方的稳定,告警埋点很多,加上各种日终检查,看似很完美,实际却有了新的问题,因告警太多,日检滞后,而无法快速处理有效异常,导致对账延迟和引发客诉。 结合日常处理经验,我们重新思考是否有好的方式,提前发现异常,改善此事,于是在基金交易系统中做了一件事情,有效的提高了系统的稳定性,以下为此事的主要效果 工单数量:相对2022年1-6月的客诉总数(334)减少127个,对账时间:稳定在16点半前完成,异常订单:从每天几个变成偶发出现, 后续流程:比以往有了较强的稳定性, 同时也间接的释放了,因客诉异常引起的资源消耗(客服,产品,研发,工程师),提高了用户一定体验和满意度。 什么事项 为基金交易系统增加了新型的异常预警,能更加有效的提前发现系统异常,快速解决 为什么做这个事情 在基金交易中,每天有几十万的订单,交易额有数十亿,基金业务场景不仅又多、又复杂,而且链路也比较长,盘后的数据检查经常由于各种原因出现异常订单(运营配置错误,基金公司下发文件异常,系统bug等),而无法顺利对账,影响后续流程。排查定位和修复问题,需在2小时内完成,如果超过时长会对后续流程造成严重的影响,所以有效异常的提前发现和预警就非常重要 基金交易系统异常告警无法满足吗? 交易系统中现有2种告警,一种是即时告警,一个日终报警 即时告警**,**由于老项目时间久,存在历史原因,每天会收到数千封即时告警邮件,想筛选出真正的有效异常,变得非常困难,还有一定的时效性。 日终报警, 是在每日交易结束后,系统会自动进行日终检查,如果发现异常,需在2小时内解决,而且只能对已发生的结果进行修正,个别异常还好,如果出现批量异常,那么2小时就非常宝贵。短时间内的修复,不仅存在高压出错的风险,还可能因此对后续流程产生隐患,甚至对用户造成影响,引发客诉工单。异常工单的处理,是对客服、产品和工程师一种消耗,而且在微服务架构中排查和解决更加复杂耗时。总之每次对账出现异常,总是非常紧张。 你做的预警有什么特点 1、是即时告警和日终报警的补充 2、可通过手机一个界面随时观察异常变化 3、15分钟内即可发现疑异常订单 4、可快速定位,精确到重要场景 预警具体怎么做到呢? 首先对账能否顺利,取决异常情况,而异常又无法彻底避免,提前发现与控制就非常重要 如图,各种场景都可能出现异常 制定异常发现和处理策略 面对告警过滤困难,日终滞后, 结合历史处理经验,对系统进行再次思考,是否有更简单的方式,能有效的对异常进行实时发现预警? 通过探讨,总结了一个简单的规律: 如果关键点没按照指定时间内变更,即可定义为可疑异常 ,其严重级别可以通过汇总数量进行表示 于是制定了如下策略 制定监控预警技术方案 1:首先要基于本身的业务进行识别,基金交易对账是对订单的最终标记状态校验,我们假设一个支付的订单,如果在15分钟内,订单的状态没有发生变化,是否设定为可疑异常?其原因可能很多,如网络问题、MQ消息延迟、代码BUG等等,总之是有问题,那么这样的订单数量越大,就代表其影响的订单就越多,对账的风险就越高。 2:关键点的异常识别,可以采用同样的逻辑,如果在指定的时间内,关键点的状态没有发生变化,即可设定为可疑对象,比如基金交易的重要场景:申购,赎回,支付,非交易过户,退款等场景,都可以基于场景数据的状态变化或者MQ的积压情况进行识别,举个申购的例子:用户申购完成后,后续的流程是采用MQ和任务的方式执行,每个任务都有初始和完成状态,如果这个申购任务在15分钟内,没有标记为完成,即可定义为可疑异常,此类的状态的任务越多,影响对账的风险就越高 落实技术方案 实践中验证效果 效果:刚上线只对总订单和2个场景加了预警,慢慢增加到11个场景,效果也很明显,异常基本上在交易中就被提前发现,如果操作失误,可提前告知相关方修正,如果是系统BUG,就可提前紧急修复,后续再推进根治和架构升级。随着时间推移,影响对账异常范围,虽不能百分百覆盖,但是容易出错的关键点,已经得到有效控制,近几个月,偶发才出现几单(历史用户的存量异常订单引起),对账得到了有效的保护。 经典案例,2023年春节期间,通过预警发现几个异常订单出现,通过排查,是因为基金公司下发可赎回时间为非交易时间引起,涉及16个TA,4000多条记录,假如没提前发现,节后可能会引发批量的异常订单和客诉,形成事故,通过发现处理,规避了发生。 总结 通过这个预警系统,我们能够提前发现并主动处理对账事后异常,其技术难度并不高, 更多的讲究的是一个方法。对此方法起了一个名字叫"先知预警",也希望此理论能对您的系统有所帮助。例如实战中,今年618的拉新活动渠道的监控,10分钟如果没产生订单就进行电话预警;基金停售提前3天邮件电话预警,都可以用此理论解释。 先知预警:是一种基于时间序列分析和业务理解的预测方法,它通过分析历史数据和理解业务,预测未来可能出现的关键点和变化趋势,并及时进行预警和调整,以确保业务的稳定运行。 作者:京东科技 江亚宁 来源:京东云开发者社区

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【云栖号案例 | 医疗健康】趣医网上云,专人专群支持确保了客户的云上服务

云栖号案例库:【点击查看更多上云案例】不知道怎么上云?看云栖号案例库,了解不同行业不同发展阶段的上云方案,助力你上云决策! 客户简介 趣医网(quyiyuan.com)创立于2014年,为京颐集团重要成员企业之一,是一家专注于推进移动互联网医疗服务模式创新的互联网医疗企业,已获得百度(BAIDU)、软银中国资本(SBCVC)、弘晖资本(HighLight Capital)等多家知名机构投资。公司倾力缔造互联网医疗平台“医院+”,致力于构建可持续发展的互联网医疗生态圈。 选择阿里云 趣医网使用阿里云之后,就使用了阿里云的企业至尊级支持计划。阿里云为趣医网配备了专门的技术服务经理 ,为客户更换的使用云产品提供了专业的建议以及架构方面的建议。通过7*24小时工单、电话和IM群的支持,确保了趣医网的问题能够得到快速定位和及时有效解决,确保了客户的云上体验。 获得的成效 “在趣医网使用阿里云服务的第一年里,阿里云服务团队提供企业级的售后服务,专人专项的支持,便捷的IM企业群互动,高效的服务响应,并给出对应的解决方案,确保项目质量以及云上业务的长期稳定。感谢阿里云售后工程师专业服务。” ——趣医网副总裁 张振华 相关产品和服务 相关产品: 云服务器ECS 云服务器(Elastic Compute Service,简称ECS)是阿里云提供的性能卓越、稳定可靠、弹性扩展的IaaS(Infrastructure as a Service)级别云计算服务。云服务器ECS免去了您采购IT硬件的前期准备,让您像使用水、电、天然气等公共资源一样便捷、高效地使用服务器,实现计算资源的即开即用和弹性伸缩。阿里云ECS持续提供创新型服务器,解决多种业务需求,助力您的业务发展。更多关于云服务器ECS的介绍,参见云服务器ECS产品详情页。 云数据库RDS MySQL版 MySQL 是全球最受欢迎的开源数据库之一,作为开源软件组合 LAMP(Linux + Apache + MySQL + Perl/PHP/Python)中的重要一环,广泛应用于各类应用场景。更多关于云数据库RDS MySQL版的介绍,参见云数据库RDS MySQL版详情页。 负载均衡SLB 负载均衡(Server Load Balancer)是将访问流量根据转发策略分发到后端多台云服务器(ECS实例)的流量分发控制服务。负载均衡扩展了应用的服务能力,增强了应用的可用性。更多关于负载均衡SLB的介绍,参见负载均衡产品详情页。 内容分发网络CDN 阿里云内容分发网络(Content Delivery Network,简称CDN)是建立并覆盖在承载网之上,由分布在不同区域的边缘节点服务器群组成的分布式网络。阿里云CDN分担源站压力,避免网络拥塞,确保在不同区域、不同场景下加速网站内容的分发,提高资源访问速度。更多关于内容分发网络CDN的介绍,参见内容分发网络详情页。 相关服务: 企业级支持计划 企业级支持计划进一步拓展了服务渠道,专人专群支持,为客户的云上问题解决提供更完善的保障。更多关于企业级支持计划的介绍,参见企业级支持计划详情页。 云栖号案例库:【点击查看更多上云案例】不知道怎么上云?看云栖号案例库,了解不同行业不同发展阶段的上云方案,助力你上云决策!

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Nacos /nɑ:kəʊs/ 是 Dynamic Naming and Configuration Service 的首字母简称,一个易于构建 AI Agent 应用的动态服务发现、配置管理和AI智能体管理平台。Nacos 致力于帮助您发现、配置和管理微服务及AI智能体应用。Nacos 提供了一组简单易用的特性集,帮助您快速实现动态服务发现、服务配置、服务元数据、流量管理。Nacos 帮助您更敏捷和容易地构建、交付和管理微服务平台。

Rocky Linux

Rocky Linux

Rocky Linux(中文名:洛基)是由Gregory Kurtzer于2020年12月发起的企业级Linux发行版,作为CentOS稳定版停止维护后与RHEL(Red Hat Enterprise Linux)完全兼容的开源替代方案,由社区拥有并管理,支持x86_64、aarch64等架构。其通过重新编译RHEL源代码提供长期稳定性,采用模块化包装和SELinux安全架构,默认包含GNOME桌面环境及XFS文件系统,支持十年生命周期更新。

Sublime Text

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Sublime Text具有漂亮的用户界面和强大的功能,例如代码缩略图,Python的插件,代码段等。还可自定义键绑定,菜单和工具栏。Sublime Text 的主要功能包括:拼写检查,书签,完整的 Python API , Goto 功能,即时项目切换,多选择,多窗口等等。Sublime Text 是一个跨平台的编辑器,同时支持Windows、Linux、Mac OS X等操作系统。

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