R语言中GCC编译的问题
不仅仅编译R语言本身会非常的麻烦,实际上还有些R包为了提高运行速度将一些功能封装到C/C++中,随后在安装的时候会进行编译。 编译通过则万事大吉,如果不通关就是一番折腾。比如说我最近在服务器上安装DESeq2就遇到了这种事情,下面是解决的过程。 并不是所有的warning都可以忽视,比如说如下这种就不行。因为他说DESeq2的编译结果是“非零返回”,也就是失败了。而失败的原因则是前面这个包都失败了。 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("DESeq2") 编译失败的提示 那我们逐个解决,使用install.packages("RCurl")安装第一个失败的包。 动态库不存在 上面的报错信息cannot find -lxxx告诉我们,由于缺少两个动态库,xml和iconv, 导致编译不通过。那我们借助百度去安装这两个包,以xml为例 XML搜索结果 # xml2 wget -4 ftp://xmlsoft.org/libxml2/libxml2-git-snapshot.tar.gz tar xf libxml2-g...