两个RNA-蛋白以及蛋白间相互作用数据库
文章由华人学者团队上个月发表在自然生物技术,开发了RIM-seq(通过测序进行蛋白质-RNA 相互作用图谱),一种同时从头鉴定 RNA 结合蛋白及其相关 RNA 的方法。通过将 RNA 与蛋白质连接的 DNA 条形码相近连接来生成独特的嵌合 DNA 序列,随后通过测序对其进行解码。应用于两种人细胞系,构建人 RNA-蛋白质关联网络 (HuRPA),包括 >350,000 个关联,涉及 ~7,000 个 RNA 和 ~11,000 个蛋白质,包括 2,610 个蛋白质,每个蛋白质与至少 10 个不同的 RNA 相互作用。并通过实验验证了肿瘤发生相关的lincRNA LINC00339,即HuRP...