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如何参与医疗软件开源项目

云栖号资讯:【点击查看更多行业资讯】在这里您可以找到不同行业的第一手的上云资讯,还在等什么,快来! 作为一名软件开发人员,我觉得我可以产生巨大的影响。在某种程度上,我觉得帮助一家披萨连锁店提高在线销售额或帮助抵押贷款机构提高利润率是一种浪费。随着 COVID-19 大流行的全面爆发,我想要帮助一个与我息息相关的项目。 The OHIF Viewer The OHIF Viewer 是一个开源的、基于 Web 的医学影像查看器。该项目维护的扩展添加了对 2D(切片)和 3D(容积)影像的查看、注解和报告的支持。 病变标记工作流示例(点击这里查看动图) 它是 100% 免费和开源的; 它主要用于临床研究和实验; 对于发展中国家来说,这是一个很好的选择(它可以在树莓派上运行); 它有资金来源(不会明天就消失)。 如何提供帮助? 这听起来可能很奇怪,但是请为我们的 GitHub 库加星,帮助我们获得更多的资金支持。 我们目前的资金仅够资助两位全职开发者至八月。我们正明智地利用这段时间来完成重新设计和核心架构的修改,以提高 OHIF Viewer 的可扩展性,同时加强我们对肿瘤成像研究的开箱即用支持。 我们针对“一般查看”模式的设计草图。 React 组件库 我们有一个遵循原子设计原则的组件库。我们需要帮助创建符合我们设计的React 组件。它们中的大多数都是“基本的”,组合起来可以创建示例“视图”,用模拟数据和虚假交互演示不同的UI 状态。我们使用 docz 组件库(基于 Gatsby 构建)来实现这一点。您贡献的每个组件、测试和一些文档都非常有助于我们朝着目标前进。 核心架构修改 OHIF Viewer 的第一个实现是一个简单的 Meteor 应用程序,它只有一个用途。虽然它曾经(现在仍然)非常有用,但我们正在适应并支持我们社区的各种用例,使与他人“共享”工作流、特性和功能变得更容易。几乎所有这些代码都是普通的 JavaScript,不特定于领域。能够编写单元测试、讨论实现和满足规范的开发人员都可以很好地帮助我们。 Freesurfer 分割可视化,使用了 react-vtkjs-viewport(点击这里查看动图)。 影像、分割和三维可视化专业知识 这个类别不太可能适用于大多数人。对前面几项的任何帮助都可以释放我们有限的资源,从而在这些项目上取得更大的进展。如果您有这方面的专业知识,并希望做出贡献,请不要犹豫联系我们,我们可以合作。特别是我们有一个 PET-CT Fusion 和多容积的愿望清单,这需要 WebGL/ 着色器经验。 额外的资金和资源 虽然我们目前的资助将在 8 月到期,但我们已经申请了延期,将资助 2 名全职开发人员的期限再延长 5 年。如果您有兴趣为关键特性提供资金,或者您想为项目分配开发资源,但不知道如何分配,请联系我们。 下一年度拨款的一些细目: 简化部署和安装; 支持移动分辨率和 Electron 桌面应用程序; 扩展扩展和模式支持;共享“工作流”的目录; 更多。 相关项目 这个领域有很多项目。如果您知道任何优秀的项目是自由许可并且欢迎贡献者,请在评论中列出它们,我会尽力更新这个列表。 EMR/HIS 电子健康记录和健康信息系统。通常,这些系统允许管理和查看病人档案,并且是许多其他系统的共同集成点。例如,您可以使用 EMR 来查找患者的“影像研究”,并在 OHIF Viewer 中启动查看会话。 Hospital Run: https://hospitalrun.io/ 医学影像数据存储和检索在这个类别中有更多的选择。传统上,这些被称为 PACS(影像存档和通信系统)或影像存档。它们保存医学影像数据并公开用于检索和存储的 API。 dicomweb-server: https://github.com/dcmjs-org/dicomweb-server (JS)DICOMCloud: https://github.com/DICOMcloud/DICOMcloud (C#)Orthanc: https://www.orthanc-server.com/ (C++)DCM4CHEE: https://www.dcm4che.org/ (Java) 联系方式: 创建一个 GitHub 问题! 直接联系我:danny.ri.brown@gmail.com 定期贡献者可以收到邀请到我们的合作伙伴 Slack 集团。我们还会与能够投入时间和资源的个人和组织定期举行治理和规划会议。 【云栖号在线课堂】每天都有产品技术专家分享!课程地址:https://yqh.aliyun.com/live 立即加入社群,与专家面对面,及时了解课程最新动态!【云栖号在线课堂 社群】https://c.tb.cn/F3.Z8gvnK 原文发布时间:2020-04-15本文作者:Danny Brown本文来自:“InfoQ”,了解相关信息可以关注“InfoQ”

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【云栖号案例 | 医疗健康】华大基因上云 打造精准医疗应用云平台日志方案

云栖号案例库:【点击查看更多上云案例】不知道怎么上云?看云栖号案例库,了解不同行业不同发展阶段的上云方案,助力你上云决策! 公司简介 华大基因是中国最领先的基因科技公司,华大基因为消除人类病痛、经济危机、国家灾难、濒危动物保护、缩小贫富差距等方面提供分子遗传层面的技术支持。目前,世界上只有两个国家的三个公司可以生产、量产临床级别的基因测序仪,华大基因是中国的唯一一家。我们在基因的产权研发方面从1999年开始做了很多的工作。在2014年,我们与阿里云有了初步的接触,在2015年上线了我国第一个基因云计算平台。 业务痛点 我们与阿里云合作是因为我们看到基因技术从过去的只在实验室中逐渐进入到广大群众的生活场景当中,不管是在医学健康方面、生殖健康方面、肿瘤防治方面、病原感染方面还是农业育种,以及与我们每个人息息相关的健康管理,基因技术已经取得越来越多的应用场景,在国产基因测序仪的助力之下,基因数据产生的体量也越来越庞大,远远的超出了原有的计算能力所能支持的范围。 解决方案 针对上述情况,华大基因业务逐步迁移到阿里云计算平台之上。 新的日志分析架构如页面下方架构图所示。 计算集群:本地IDC作为原始测序数据(FastQ)的计算集群。 存储:阿里云OSS用于比对结果数据和测序数据。在存储方面,我们也使用了阿里的产品,每年我们会产生非常多的基因数据,明年我们计划对十万人进行基因组的基因测序和分析,我们将与阿里云计算平台一起在2018年用国产测序仪完成计算、分析和交付。 大数据计算:批量计算、Maxcompute等一些异构计算方式,使我们原先需要几周甚至更长时间才能完成的计算任务在一两天内得以解决。在我们现在进行的百万人基因组项目中,阿里云的Maxcompute技术帮助我们大大加速了对于人群结构的分析速度的进展。 1.使用阿里云MaxCompute处理群体变异检测和人群遗传结构分析。2.通过BatchCompute完成数据质控和比对。 上云价值 另外,在对百万人的基因数据进行遗传结构分析时,我们需要把每一个人与剩余的所有人进行遗传距离计算,这个计算量是巨大的,计算复杂度已经远远超出了传统计算条件下硬件设备所能承受的能力范围,通过使用Maxcompute,我们已经在这方面取得了技术突破,其中,我们在几小时内就可以把一个人与十万人中所有遗传距离进行计算,计算成本大幅降低至1000美金以内,这样的例子我们还在不断的开发中,相信Maxcompute也会给我们带来更多的惊喜。 相关产品 大数据计算服务 · MaxCompute MaxCompute(原ODPS)是一项大数据计算服务,它能提供快速、完全托管的PB级数据仓库解决方案,使您可以经济并高效的分析处理海量数据。更多关于阿里云MaxCompute的介绍,参见MaxCompute产品详情页。 批量计算 批量计算(BatchCompute)是一种适用于大规模并行批处理作业的分布式云服务。BatchCompute可支持海量作业并发规模,系统自动完成资源管理,作业调度和数据加载,并按实际使用量计费。BatchCompute广泛应用于电影动画渲染、生物数据分析、多媒体转码、金融保险分析、科学计算等领域。更多关于批量计算的介绍,参见批量计算产品详情页。 对象存储OSS 阿里云对象存储服务(Object Storage Service,简称 OSS),是阿里云提供的海量、安全、低成本、高可靠的云存储服务。其数据设计持久性不低于 99.9999999999%(12 个 9),服务设计可用性(或业务连续性)不低于 99.995%。更多关于对象存储OSS的介绍,参见对象存储OSS产品详情页。 【云栖号在线课堂】每天都有产品技术专家分享! 在线课堂地址:https://yqh.aliyun.com/zhibo 立即加入社群,与专家面对面,及时了解课程最新动态! 【云栖号在线课堂 社群】https://c.tb.cn/F3.Z8gvnK

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【云栖号案例 | 医疗健康】华大基因

云栖号案例库:【点击查看更多上云案例】不知道怎么上云?看云栖号案例库,了解不同行业不同发展阶段的上云方案,助力你上云决策! 客户简介 华大基因是一个专门从事生命科学的科技前沿机构。以学、研、用为主的科研方式。涉及人类、医学、农业、畜牧、濒危动物保护等分子遗传层面的科技研究。华大基因研究院凭借强大的科研能力及先进的组学技术平台,先后参与及主导了多项国际性的科研项目,并在众多研究领域取得重大突破。 选择阿里云 基于BGI Online的基因数据分析需求,华大基因在阿里云平台上,设计了计算资源弹性伸缩、多级存储、海量存储计算与数据安全的云平台架构。通过专线接入,来传输测序中心几十TB/day的数据;通过平台多数据中心部署,计算能力放至数据所在地,为美国、欧洲与中国等提供测序;混合使用阿里云的多种计算服务,数据通过OSS来互通。通过ECS在线上高灵活度地输出基因测序、利用批量计算测序可大规模降低成本,MaxCompute实现MapReduce小时级测序。合作过程中,阿里云为华大基因提供了企业级支持服务和专家服务,保障华大基因的云上业务搭建与运转。包括指导产品选型与使用技术、提供APM报告及相应性能的分析优化;排查整改系统安全隐患、对生产高峰的任务支持进行专门保障。从曾经三四天才能输出一人基因分析,到如今实现了22小时内达成千人基因组分析的人类梦想。 获得的成效 “基因组学数据是‘天然’的大数据,计算分析的价值会超过测序本身,与云计算和大数据技术的结合是行业的需要。基因测序为生物技术带来的改变,为生命创造的价值,值得我们为之努力。” 相关产品和服务 相关产品: 云服务器ECS 云服务器(Elastic Compute Service,简称ECS)是阿里云提供的性能卓越、稳定可靠、弹性扩展的IaaS(Infrastructure as a Service)级别云计算服务。云服务器ECS免去了您采购IT硬件的前期准备,让您像使用水、电、天然气等公共资源一样便捷、高效地使用服务器,实现计算资源的即开即用和弹性伸缩。阿里云ECS持续提供创新型服务器,解决多种业务需求,助力您的业务发展。更多关于云服务器ECS的介绍,参见云服务器ECS产品详情页。 对象存储OSS 阿里云对象存储服务(Object Storage Service,简称 OSS),是阿里云提供的海量、安全、低成本、高可靠的云存储服务。其数据设计持久性不低于 99.9999999999%(12 个 9),服务设计可用性(或业务连续性)不低于 99.995%。 更多关于对象存储OSS的介绍,参见对象存储OSS产品详情页。 大数据计算服务 · MaxCompute MaxCompute(原ODPS)是一项大数据计算服务,它能提供快速、完全托管的PB级数据仓库解决方案,使您可以经济并高效的分析处理海量数据。 更多关于阿里云MaxCompute的介绍,参见MaxCompute产品详情页。 相关服务: 企业级支持计划 企业级支持计划进一步拓展了服务渠道,专人专群支持,为客户的云上问题解决提供更完善的保障。 更多关于企业级支持计划的介绍,参见企业级支持计划详情页。 数据库首席专家服务 褚霸首席团队,提供架构设计、数据安全、数据库实例健康诊断、数据库性能调优、故障排查等服务。专家在分布式系统设计、系统内核优化、高可靠和高性能系统的构建等方面,具有丰富的经验。 更多关于数据库首席专家服务的介绍,参见数据库首席专家服务详情页。 迁云实施服务 通过技术支持或协助实现客户的在线业务系统、数据库及存储等内容迁移到阿里云,并顺利完成业务系统的割接。 更多关于迁云实施服务的介绍,参见迁云实施服务详情页。 系统与平台首席专家服务 多隆首席团队,在系统内核、计算、存储、网络、虚拟化、分布式架构设计、高可靠和高性能系统设计等方面,均有丰富经验。 更多系统与平台首席专家服务的介绍,参见技术托管服务详情页。 云栖号案例库:【点击查看更多上云案例】不知道怎么上云?看云栖号案例库,了解不同行业不同发展阶段的上云方案,助力你上云决策!

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马里奥是站在游戏界顶峰的超人气多面角色。马里奥靠吃蘑菇成长,特征是大鼻子、头戴帽子、身穿背带裤,还留着胡子。与他的双胞胎兄弟路易基一起,长年担任任天堂的招牌角色。

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Spring框架(Spring Framework)是由Rod Johnson于2002年提出的开源Java企业级应用框架,旨在通过使用JavaBean替代传统EJB实现方式降低企业级编程开发的复杂性。该框架基于简单性、可测试性和松耦合性设计理念,提供核心容器、应用上下文、数据访问集成等模块,支持整合Hibernate、Struts等第三方框架,其适用范围不仅限于服务器端开发,绝大多数Java应用均可从中受益。

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Sublime Text具有漂亮的用户界面和强大的功能,例如代码缩略图,Python的插件,代码段等。还可自定义键绑定,菜单和工具栏。Sublime Text 的主要功能包括:拼写检查,书签,完整的 Python API , Goto 功能,即时项目切换,多选择,多窗口等等。Sublime Text 是一个跨平台的编辑器,同时支持Windows、Linux、Mac OS X等操作系统。

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