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应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程

eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因,常见的方法就是BLAST+BLAST2GO, 或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠,毕竟你有可能找到的的是旁系同源基因。近期对多个工具的整体评估发现eggNOG(evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups)在区分旁系同源基因和直系同源基因上表现不错,因此基于eggNOG数据库开发了eggNOG-mapper工具,用于对新序列进行功能注释。 eggNOG-mapper的算法实现如下: 第一步:序列比对。首先,每条蛋白序列用HMMER3在整理的eggNOG数据库中搜索。由于每个HMM匹配都和一个功能注释的eggNOG OG对应,这一步就提供了初步的注释信息。之后,每条蛋白序列用phmmer在最佳匹配的HMM对应的一组eggNOG蛋白中进一步搜索。最后,每条序列的最佳匹配结果以 seed ortholog 形式存放,用于获取其他直系同...

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