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两个RNA-蛋白以及蛋白间相互作用数据库

文章由华人学者团队上个月发表在自然生物技术,开发了RIM-seq(通过测序进行蛋白质-RNA 相互作用图谱),一种同时从头鉴定 RNA 结合蛋白及其相关 RNA 的方法。通过将 RNA 与蛋白质连接的 DNA 条形码相近连接来生成独特的嵌合 DNA 序列,随后通过测序对其进行解码。应用于两种人细胞系,构建人 RNA-蛋白质关联网络 (HuRPA),包括 >350,000 个关联,涉及 ~7,000 个 RNA 和 ~11,000 个蛋白质,包括 2,610 个蛋白质,每个蛋白质与至少 10 个不同的 RNA 相互作用。并通过实验验证了肿瘤发生相关的lincRNA LINC00339,即HuRPA中蛋白质结合数量最多的RNA,作为蛋白质相关RNA。进一步验证了染色质构象调节因子 SMC1A、SMC3 和 RAD21 以及代谢酶 PHGDH 的 RNA 关联能力。PRIM-seq 无需基因或蛋白质特异性试剂即可系统地发现 RNA 结合蛋白及其靶标并确定其优先级。

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