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三代转录组系列:使用Cogent重建基因组编码区

尽管目前已测序的物种已经很多了,但是对于一些动辄几个G的复杂基因组,还没有某个课题组有那么大的经费去测序,所以仍旧缺少高质量的完整基因组,那么这个时候一个高质量的转录组还是能够凑合用的。 二代测序的组装结果只能是差强人意,最好的结果就是不要组装,直把原模原样的转录组给你是最好的。PacBio Iso-Seq 做的就是这件事情。只不过Iso-Seq测得是转录本,由于有些基因存在可变剪切现象,所以所有将一个基因的所有转录本放在一起看,搞出一个尽量完整的编码区。 Cogent能使用高质量的全长转录组测序数据对基因组编码区进行重建,示意图如下: 软件安装 虽然说软件可以直接通过conda进行安装,但是根据官方文档的流程,感觉还是很麻烦 下面操作默认你安装好了miniconda3, 且miniconda3的位置在家目录下 conda create -n cogent cogent -y source activate cogent conda install biopython pulp conda install networkx==1.10 conda install -c http://c...

Opensearch PHP SDK协程兼容改造

摘要 本文简单的介绍了协程的概念及基本原理,以及协程在PHP中的一种实现方案(PECL/Swoole)。最后,结合Opensearch PHP SDK的协程改造过程演示了具体的使用方法。 协程 与进程、线程一样,协程是逻辑代码线之间隔离的一种方法。只不过进程和线程是由操作系统直接支持,并负责调度的;协程的粒度比线程更小,操作系统无法感知,因此调度工作必须由程序自己完成。 从目标上来看,协程与epoll等模型基本一致:都是为了降低进程(线程)调度引发的频繁上下文切换的资源消耗,最终提高系统效率。使用epoll模型编写的代码大量使用回调函数(类似下面的伪代码): connect(uri, connected() { send(data, sent() { receive(received(response) {

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马里奥是站在游戏界顶峰的超人气多面角色。马里奥靠吃蘑菇成长,特征是大鼻子、头戴帽子、身穿背带裤,还留着胡子。与他的双胞胎兄弟路易基一起,长年担任任天堂的招牌角色。

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