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基于 MaxCompute 的极速的基因测序分析

转载自yizhuo 基因、测序、分析 基因,生命的基本因素,是人类和其他生物的基础遗传物质。人有 23 对染色体,总共记录了大约 3Gb 个碱基(这里的 b 是 base,即碱基,可不是 bit,参考这里),每个位置上的碱基可能是 ATCG 中的一个。简单理解起来,就是有了这 3Gb 长的字符串,就能克隆一个你。基因测序,就是用化学和物理的方法,把你身体里这 3Gb 字符串检测出来。 当然,由于受当前测序技术的限制,我们并不能一次性测得一个完整的 3Gb 字符串,而是无数个 150bp 左右长度的小碎片。把这无数个小碎片重新组合还原成 3Gb 的长字符串的过程,叫全基因组组装。人类基因组计划干的就是这个组装拼图的事情,到了 2003 年,基本上算是拼完了。于是就有了一个标准的 3Gb 人类字符串,业界称其为『人类基因组参考序列』,也常

MaxCompute 2.0 生态开放之路及最新发展

文章转自yizhuo MaxCompute(原ODPS)是阿里云自主研发的分布式大数据处理系统。长久以来,这套阿里自研的系统为阿里内部服务,有自己的类型系统,配套工具以及 SDK 和编程接口。但是随着公共领域对 MaxCompute 的需求越来越强烈,我们也在尽自己所能,使 MaxCompute 能够兼容现有生态,提高使用体验以及最重要的,保护用户投资。 用户接口层的基本简介 首先整体介绍一下 MaxCompute 的用户接口层。 MaxCompute 从研发的第一天起就被设计统一由 Restful API 提供服务。在 Restful API 之上,我们各种语言的 SDK。由 SDK 编写形成的各种工具、驱动等等构成了 MaxCompute 的用户接口层,即外围生态。 协议兼容:JDBC 和 Hive Proxy JDBC 是 MaxCo

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