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MindSpore 社区与北大 BIOPIC 联合发布蛋白质多序列比对开源数据集

近日,MindSpore社区与北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、北京大学化学与分子工程学院、深圳湾实验室高毅勤教授课题组联合推出蛋白质多序列比对(Protein MSA)数据集,希望在标准化的数据集基础上,支撑研究人员开发先进的AI模型,加深对蛋白质结构、功能和进化的认知,并进行蛋白设计与改造。此数据集的相关代码及数据集说明已依托于华为全场景AI框架MindSpore进行开源开放、定期扩展与维护,旨在为全世界相关的产、学、研团队提供优质的数据共享解决方案。 01规模最大、覆盖度最广的开源数据集 本次开源的ProteinMSA数据集完全覆盖最新版本(2021年2月发布)的UniRef50数据库中的蛋白质序列,采用学术界的“金标准”搜索方法,对约0.5亿条蛋白序列进行了充分的MSA搜索与比对(MSA平均深度大于1000),是目前世界范围内规模最大、参考数据集最新、覆盖度最广的开源蛋白质MSA数据集(之前最大的开源MSA数据集包含10万个蛋白MSA)【1】。 人类已知的蛋白质序列已经超过4.4亿条,但仅凭这些蛋白质单序列数据库,很难了解蛋白之间的关系。Protein MSA数据库...

2021年9月国产数据库排行榜:达梦奋起直追紧逼OceanBase,openGauss反超PolarDB再升一位

2021年9月国产数据库排行榜已在墨天轮发布,本月参与排名的数据库总数达到了142个。 一、9月国产数据库流行度排行榜前15名 先来看看排行榜前五名,虽然PingCAP的TiDB分数本月下降31.82,但对其排名没有产生任何影响。TiDB仍以598.39的高分占据排行榜首位。PingCAP注重客户反馈,对产品进行持续优化、快速迭代。8月底,TiDB 5.2发版。新版本聚焦用户真实场景,挑战更为严苛的超大规模OLTP和实时数据分析的性能极限,进一步拓展了“交易+分析”双引擎数据处理能力的边界。在笔者看来,TiDB凭借持续创新和活跃的开源氛围,榜首地位短时间内不会被撼动。 2021年9月国产数据库流行度排行榜前15名 OceanBase分数下降50.20,是本月分数下跌最多的数据库,以443.53的总分位于榜单第二名。尽管OceanBase在8月启动了“2021 OceanBase数据库大赛”,但比赛仍处于报名阶段,相关报道比较少,传播的规模效应尚未显现。据悉,10月16日,初赛开启;12月18日至19日,10支队伍会在决赛中脱颖而出并获得相应奖励。虽然赛事战线拉得比较长,但随着比赛正式启...

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