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专题 | 金属结合蛋白的计算设计

金属结合蛋白能够参与多种生命过程,而金属在其中扮演着至关重要的角色。早在1996年,Holm等人就总结了金属结合位点的五大功能1。分别是:稳定蛋白质结构,调节蛋白质的构象;充当催化活性中心,辅助活化反应底物;传递电子;结合或运输小分子,比如参与氧气运输;储存金属离子,包括金属离子的摄取、缓冲和释放。不同类型的金属结合位点具有特异的结构特征,并赋予蛋白质多样的生理功能。而实现具有特定功能的金属结合蛋白设计,也成为蛋白质设计领域一个富有挑战的任务。

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NumPy 1.26.3 发布,Python 科学计算包

NumPy 1.26.3 现已发布,这是一个维护版本。修复了 1.26.2 发布后发现的错误和回归,最显著的变化是 f2py 的错误修复。此版本支持的 Python 版本为 3.9-3.12。 兼容性 f2py将不再接受不明确的组合-m和.pyfCLI 组合。当传递多个.pyf文件时,会引发错误。当同时传递-m和 a.pyf时,会发出警告并忽略-m提供的名称。 改进 f2py现在可以处理具有模块kind规范的common块。这进一步扩展了iso_fortran_env和iso_c_binding等内在函数的可用性。 此版本共合并了 42 个拉取请求,更多详情可查看发布说明。

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NumPy 1.22.4 发布,Python 科学计算包

NumPy 1.22.4 现已发布,这是一个维护版本,修复了在 1.22.3 版本之后发现的错误。此外,此版本的 wheels是使用最近发布的 Cython 0.29.30 构建的,它应该可以修复报告的调试问题。 此版本支持的 Python 版本为 3.8-3.10。Mac wheels现在基于 OS X 10.15,而不是以前 NumPy 发布周期中使用的 10.6。 此版本共合并了 22 个拉取请求: #21192:TST:将 mypy 从 0.931 升级到 0.940 #21243:MAINT:明确地重新导出 numpy._typing 中的类型 #21245:MAINT:为 CI doc 构建指定 sphinx、numpydoc 版本 #21275:BUG:修复错别字 #21277:ENH,BLD:修复 wasm 的数学特征检测 #21350:MAINT:修复失败的 simd 和 cygwin 测试 #21438:MAINT:修复失败的 Python 3.8 32 位 Windows 测试 #21445:BUG:允许旧 dtypes 再次转换为 datetime #21446:BUG:在 frombuffer 中使 mmap 处理更安全 #21447:BUG:停止使用 Python 3.11 中已弃用的 PyBytesObject.ob_shash #21448:ENH:引入 numpy.core.setup_common.NPY_CXX_FLAGS #21472:BUG:确保正确引发编译错误 #21473:BUG:修复分段错误 #21474:MAINT:更新文档要求 #21475:MAINT:在 clang 上用 no_sanitize("alignment") 标记 npy_memchr #21512: DOC:Proposal - 使文档登陆页面卡片更相似...... #21525:MAINT:将 Cython 版本更新为 0.29.30 #21536:BUG:修复构建配置期间的 GCC 错误 #21541:REL:为 NumPy 1.22.4 版本做准备 #21547:MAINT:跳过在 PyPy 上失败的测试 详情可查看:https://github.com/numpy/numpy/releases/tag/v1.22.4

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NumPy 1.22.1 发布,Python 科学计算包

NumPy 1.22.0 现已发布,这是一个维护版本,其中包含了来自 14 位贡献者的20 个 PR。修复了在 1.22.0 版本之后发现的错误。一些值得注意的修复有: 修复 f2PY 文档字符串问题 (SciPy) 修复 reduction类型问题 (AstroPy) 修复各种 typing bug。 此版本支持的 Python 版本为 3.8-3.10。 共合并了 20 个拉取请求: #20702:MAINT,DOC:1.22.0 发布后的修复。 #20703:DOC,BUG:使用 pngs 而不是 svgs。 #20704:DOC:修复了用户指南登陆页面上的链接 #20714:BUG:恢复 vc141 支持 #20724:BUG:修复多维参数的数组维度求解器... #20725:TYP:将__array_namespace__的类型注释更改为ModuleType #20726:TYP,MAINT:允许ndindex接受整数元组 #20757:BUG:在减少中放松 dtype 身份检查 #20763:TYP:允许时间操作函数接受date和timedelta...... #20768:TYP:放松ndarray.__array_finalize__类型 #20795:MAINT:如果 setuptools 版本太新,会引发 RuntimeError。 #20796:BUG,DOC:修复 SciPy docs 构建警告 #20797:DOC:在发行说明中修复 OpenBLAS 版本 #20798:PERF:优化数组检查有界 0,1 值 ...... 详情可查看更新说明:https://github.com/numpy/numpy/releases/tag/v1.22.1

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NumPy 1.22.0 发布,Python 科学计算包

NumPy 1.22.0 现已发布,这是一个大型版本,其中包含了来自 153 位贡献者的609 个 PR。有很多改进之处,主要亮点在于: 主命名空间的注解基本完成。上游是一个不断变化的目标,因此可能会有进一步的改进,但主要工作已经完成。这可能是此版本中用户最明显的增强功能。 提供了提议的 Array-API 的初步版本。这是创建可跨应用程序(如 CuPy 和 JAX)使用的标准函数集合的一步。 NumPy 现在有一个 DLPack 后端。DLPack 为数组(张量)数据提供了一种通用的交换格式。 quantile、percentile和相关函数的新方法。该新方法提供了一套完整的常见方法的文献。 供下游项目使用的新的可配置分配器。 这些是对为常用 functions 提供 SIMD 支持、对 F2PY 的改进和更好的文档的持续工作的补充。 官方指出,此版本支持的 Python 版本为 3.8-3.10,Python 3.7 已被删除。值得注意的是,仅在 Windows 上为 Python3.8 和 3.9 提供 32 bit wheels,其他所有的都是 64 位,因为 Ubuntu、Fedora 和其他 Linux 发行版放弃了 32 位支持。所有的 64 bit wheels 也与 64 bit integerOpenBLAS 相关联,这应该可以解决使用 truly huge arrays 偶尔遇到的问题。 详情可查看更新说明

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马里奥是站在游戏界顶峰的超人气多面角色。马里奥靠吃蘑菇成长,特征是大鼻子、头戴帽子、身穿背带裤,还留着胡子。与他的双胞胎兄弟路易基一起,长年担任任天堂的招牌角色。

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WebStorm 是jetbrains公司旗下一款JavaScript 开发工具。目前已经被广大中国JS开发者誉为“Web前端开发神器”、“最强大的HTML5编辑器”、“最智能的JavaScript IDE”等。与IntelliJ IDEA同源,继承了IntelliJ IDEA强大的JS部分的功能。

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