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比 Boltz-2 快十倍: Nesso-1 的粗粒化共折叠路线

Nesso-1 是一个面向结合亲和力预测的粗粒化共折叠模型。它删除了 Boltz-2 一类模型中计算最昂贵的全原子扩散生成模块,用蛋白残基中心、配体重原子及其成对距离分布构建结构感知表示,再由独立的亲和力模块完成分类和回归。论文报告其单次预测约需 1 秒,在相同公开训练数据下,速度比 Boltz-2 提高一个数量级,同时在多个公开基准、OpenBind 和 25 个内部生化实验上达到更高的平均精度。

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知识库Survey论文快读:从符号三元组到 LLM 自动构建

一次读 4 篇跨度十年的知识库/知识图谱综述(2015 → 2025),按问题主线交叉跳读: -[Nickel15] = Nickel et al., A Review of Relational Machine Learning for Knowledge Graphs; -[Ji20] = Ji et al., A Survey on Knowledge Graphs: Representation, Acquisition, and Applications; -[Niu24] = Niu, Knowledge Graph Embeddings: A Comprehensive Survey on Capturing Relation Properties; -[Bian25] = Bian, LLM-empowered Knowledge Graph Construction: A Survey。 插图均从原论文 PDF 截取,仅供学习使用。

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Docker Engine v18.09.1 新版本特性解读,全新功能先睹为快(一)

出品丨Docker公司(ID:docker-cn)编译丨小东每周一、三、五,与您不见不散! Docker Engine v18.09.1 上个月推出了 GA。社区版和企业版用户都可以使用它。它包含了缺陷修复程序,您可以在出于一致性和兼容性原因而无法快速采用新功能的环境中使用这些缺陷修复程序。 全新的 18.09 版本是一个对于 Docker 社区版引擎和 Docker企业版引擎来说一致的发布模型。新的版本控制方案是“YY.MM.x”,其中“x”是递增的补丁版本。它们将基于相同的代码库同时发布相同的“x”版本的补丁。 2019年2月15日更新:修复 Docker 社区版引擎和 Docker企业版引擎的安全补丁 更新 runc 以解决一个关键的漏洞,该漏洞允许特制容器获得主机管理权限;【CVE-2019-5736】 使用 3.13 版本内核的 Ubuntu 14.04 用户需要升级到受支持的 Ubuntu 4.x 版本的内核; Docker Engine v18.09.1 提供了许多新功能、改进和 Bug 修复。让我们来看看在升级到 Docker 18.09.1 版本时值得注意的主要功能列表: Docker Engine v18.09.1 自带 containerd v1.2.2 版本; BuildKit 0.3.3 脱离了实验模式,可以正式使用; 支持在 Kubernetes 上使用 Compose; 使用“docker info”命令可以公开产品信息; 首次在 Windows 10 上实现进程隔离; 支持使用 SSH 进行远程连接; 支持 SSH 代理套接字转发; 使用 BuildKit 时,支持“registry-mirrors”和“insecure-registries”; 使用 BuildKit 时,支持使用“--secret”标记来增加构建时隐私; 使用 BuildKit 时,支持“docker build -pull”命令; Docker Engine v18.09.1 自带 containerd v1.2.2 版本 适用于 CE 和 EE 的 Docker Engine v18.09.2 版本均附带 containerd 1.2.2 版本。在 18.09 版本之前的 Docker 中,containerd 是由 Docker 引擎守护进程管理。在 Docker Engine 18.09 中,containerd 则是由 systemd 来管理。 让我们尝试在最新的 Ubuntu 18.10 版本的虚拟机上安装最新的 Docker 18.09.2,并尝试验证 containerd 版本: sudo curl -sSL https://get.docker.com/ | sh # Executing docker install script, commit: 26dda3d + sudo -E sh -c apt-get update -qq >/dev/null + sudo -E sh -c apt-get install -y -qq apt-transport-https ca-certificates curl >/dev/null + sudo -E sh -c curl -fsSL "https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg" | apt-key add -qq - >/dev/null Warning: apt-key output should not be parsed (stdout is not a terminal) + sudo -E sh -c echo "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu cosmic edge" > /etc/apt/sources.list.d/docker.list + sudo -E sh -c apt-get update -qq >/dev/null + sudo -E sh -c apt-get install -y -qq --no-install-recommends docker-ce >/dev/null + sudo -E sh -c docker version Client: Version: 18.09.2 API version: 1.39 Go version: go1.10.6 Git commit: 6247962 Built: Sun Feb 10 04:13:46 2019 OS/Arch: linux/amd64 Experimental: false Server: Docker Engine - Community Engine: Version: 18.09.2 API version: 1.39 (minimum version 1.12) Go version: go1.10.6 Git commit: 6247962 Built: Sun Feb 10 03:42:13 2019 OS/Arch: linux/amd64 Experimental: false If you would like to use Docker as a non-root user, you should now consider adding your user to the "docker" group with something like: sudo usermod -aG docker robertsingh181 Remember that you will have to log out and back in for this to take effect! WARNING: Adding a user to the "docker" group will grant the ability to run containers which can be used to obtain root privileges on the docker host. Refer to https://docs.docker.com/engine/security/security/#docker-daemon-attack-surface for more information. @collabnix:~$ sudo usermod -aG docker robertsingh181 验证 Docker 版本 $sudo docker version Client: Version: 18.09.2 API version: 1.39 Go version: go1.10.6 Git commit: 6247962 Built: Sun Feb 10 04:13:46 2019 OS/Arch: linux/amd64 Experimental: false Server: Docker Engine - Community Engine: Version: 18.09.2 API version: 1.39 (minimum version 1.12) Go version: go1.10.6 Git commit: 6247962 Built: Sun Feb 10 03:42:13 2019 OS/Arch: linux/amd64 Experimental: false 请注意:客户端和容器运行时现在位于 Docker Engine 18.09 中守护进程的独立包中。用户应同时安装和更新这三个软件包。从而获取最新的补丁版本。 例如,在 Ubuntu 上运行“sudo apt install docker-ce docker-ce-cli containerd.io”命令。 $ sudo dpkg --list | grep container ii containerd.io 1.2.2-3 amd64 An open and reliable container runtime ii docker-ce 5:18.09.2~3-0~ubuntu-cosmic amd64 Docker: the open-source application container engine ii docker-ce-cli 5:18.09.2~3-0~ubuntu-cosmic amd64 Docker CLI: the open-source application container engine 验证 Containerd 版本 $ sudo containerd --help NAME: containerd - __ _ __ _________ ____ / /_____ _(_)___ ___ _________/ / / ___/ __ \/ __ \/ __/ __ `/ / __ \/ _ \/ ___/ __ / / /__/ /_/ / / / / /_/ /_/ / / / / / __/ / / /_/ / \___/\____/_/ /_/\__/\__,_/_/_/ /_/\___/_/ \__,_/ high performance container runtime USAGE: containerd [global options] command [command options] [arguments...] VERSION: 1.2.2 COMMANDS: config information on the containerd config publish binary to publish events to containerd oci-hook provides a base for OCI runtime hooks to allow arguments to be injected. help, h Shows a list of commands or help for one command GLOBAL OPTIONS: --config value, -c value path to the configuration file (default: "/etc/containerd/config.toml") --log-level value, -l value set the logging level [trace, debug, info, warn, error, fatal, panic] --address value, -a value address for containerd's GRPC server --root value containerd root directory --state value containerd state directory --help, -h show help --version, -v print the version $ sudo ctr version Client: Version: 1.2.2 Revision: 9754871865f7fe2f4e74d43e2fc7ccd237edcbce Server: Version: 1.2.2 Revision: 9754871865f7fe2f4e74d43e2fc7ccd237edcbce 因为 containerd 在 v18.09.1 版本下由 systemd 管理,所以更改“docker.service systemd”挂载设置的任何自定义配置(例如:MountFlags = slave)都会破坏 Docker 引擎的守护进程和 containerd 之间的交互,您将无法启动容器。运行以下命令获取 docker.service 的 MountFlags 当前的属性值: sudo systemctl show --property=MountFlags docker.service MountFlags= 如果该命令输出的 MountFlags 为非空值,那么请更新配置,然后重启 docker 服务。

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比MySQL快6倍 深度解析国内首个云原生数据库POLARDB的“王者荣耀”

随着移动互联网、电子商务的高速发展,被使用最多的企业级开源数据系统MySQL面临着巨大挑战——为迎接“双11"的高并发要提前做好分库分表;用户不断激增要将读写分离才能应对每天上亿次的访问,但读写分离后会导致数据同步延时严重、分布式事务复杂且效率低下、数据库可用性下降、MySQL的3T容量瓶颈等一系列问题都困扰着CTO和架构师们。 “要解决这些问题,阿里巴巴2008年就开始研发自主可控的数据系统,2014年基于MySQL的国内首个云原生数据库POLARDB开始孵化,到今天已累计超过PB的数据迁移至 POLARDB”阿里云研究员吕漫漪这样告诉记者。 荣耀一:超大容量 弹性扩展 虽然POLARDB是基于MySQL研发的关系型数据库,但存储容量完全不受到限制,存储容量最高可达100TB,单库最多可扩展到 16 个节点,性能提升是MySQL的6倍

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支持 Kubernetes 的 Docker 企业版正式开启公测,新版本特性先睹为快

说在前面 2018年1月,Docker 推出了其容器管理平台——Docker企业版(Docker EE)的公开测试版。早前在DockerCon欧洲大会上曾宣布,在这个版本中,Kubernetes将作为一个可选的编排解决方案与Docker Swarm并存。有了这个解决方案,企业用户就能够使用Swarm或完全兼容的Kubernetes来部署其应用程序,同时满足了长久以来用户对Docker的期望,即保证了从开发人员到IT人员一致的工作流程,尤其是与近日发布支持Kubernetes的Docker for Mac版本衔接(详情请查看Docker for Mac)。除了Kubernetes之外,此版本还增强了Swarm和Docker Trusted Registry(DTR)的相关功能,您可以在测试期间自行对其进行测试。 由于用户对此测试版非常期

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比Spark快10倍的Hadoop3.0有哪些实用新特性?

Apache hadoop 项目组最新消息,hadoop3.x以后将会调整方案架构,将Mapreduce 基于内存+io+磁盘,共同处理数据。 其实最大改变的是hdfs,hdfs 通过最近black块计算,根据最近计算原则,本地black块,加入到内存,先计算,通过IO,共享内存计算区域,最后快速形成计算结果。 Hadoop Hadoop 3.0简介Hadoop 2.0是基于JDK 1.7开发的,而JDK 1.7在2015年4月已停止更新,这直接迫使Hadoop社区基于JDK 1.8重新发布一个新的Hadoop版本,而这正是hadoop 3.0。 Hadoop 3.0的alpha版预计今年夏天发布,GA版本11月或12月发布。 Hadoop 3.0中引入了一些重要的功能和优化,包括HDFS 可擦除编码、多Namenode支持、MR Native Task优化、YARN基于cgroup的内存和磁盘IO隔离、YARN container resizing等。 Hadoop 3.0新特性Hadoop 3.0在功能和性能方面,对hadoop内核进行了多项重大改进,主要包括: 2.1 Hadoop Common (1)精简Hadoop内核,包括剔除过期的API和实现,将默认组件实现替换成最高效的实现(比如将FileOutputCommitter缺省实现换为v2版本,废除hftp转由webhdfs替代,移除Hadoop子实现序列化库org.apache.hadoop.Records (2)Classpath isolation以防止不同版本jar包冲突,比如google Guava在混合使用Hadoop、HBase和Spark时,很容易产生冲突。(https://issues.apache.org/jira/browse/HADOOP-11656) (3)Shell脚本重构。 Hadoop 3.0对Hadoop的管理脚本进行了重构,修复了大量bug,增加了新特性,支持动态命令等。https://issues.apache.org/jira/browse/HADOOP-9902 2.2 Hadoop HDFS(1)HDFS支持数据的擦除编码,这使得HDFS在不降低可靠性的前提下,节省一半存储空间。(https://issues.apache.org/jira/browse/HDFS-7285) (2)多NameNode支持,即支持一个集群中,一个active、多个standby namenode部署方式。注:多ResourceManager特性在hadoop 2.0中已经支持。(https://issues.apache.org/jira/browse/HDFS-6440) 2.3 Hadoop MapReduce(1)Tasknative优化。为MapReduce增加了C/C++的map output collector实现(包括Spill,Sort和IFile等),通过作业级别参数调整就可切换到该实现上。对于shuffle密集型应用,其性能可提高约30%。(https://issues.apache.org/jira/browse/MAPREDUCE-2841) (2)MapReduce内存参数自动推断。在Hadoop 2.0中,为MapReduce作业设置内存参数非常繁琐,涉及到两个参数:mapreduce.{map,reduce}.memory.mb和mapreduce.{map,reduce}.java.opts,一旦设置不合理,则会使得内存资源浪费严重,比如将前者设置为4096MB,但后者却是“-Xmx2g”,则剩余2g实际上无法让java heap使用到。(https://issues.apache.org/jira/browse/MAPREDUCE-5785) 2.4 Hadoop YARN(1)基于cgroup的内存隔离和IO Disk隔离(https://issues.apache.org/jira/browse/YARN-2619) (2)用curator实现RM leader选举(https://issues.apache.org/jira/browse/YARN-4438) (3)containerresizing(https://issues.apache.org/jira/browse/YARN-1197) (4)Timelineserver next generation (https://issues.apache.org/jira/browse/YARN-2928) 以下是hadoop-3.0的最新参数 hadoop-3.0HADOOPMove to JDK8+Classpath isolation on by default HADOOP-11656 Shell script rewrite HADOOP-9902 Move default ports out of ephemeral range HDFS-9427 HDFSRemoval of hftp in favor of webhdfs HDFS-5570 Support for more than two standby NameNodes HDFS-6440 Support for Erasure Codes in HDFS HDFS-7285 YARNMAPREDUCEDerive heap size or mapreduce.*.memory.mb automatically MAPREDUCE-5785 在HDFS-7285中,实现了Erasure Coding这个新功能.鉴于此功能还远没有到发布的阶段,可能后面此块相关的代码还会进行进一步的改造,因此只是做一个所谓的预分析,帮助大家提前了解Hadoop社区目前是如何实现这一功能的.本人之前也没有接触过Erasure Coding技术,中间过程也确实有些偶然,相信本文可以带给大家收获. Erasure coding纠删码技术简称EC,是一种数据保护技术.最早用于通信行业中数据传输中的数据恢复,是一种编码容错技术.他通过在原始数据中加入新的校验数据,使得各个部分的数据产生关联性.在一定范围的数据出错情况下,通过纠删码技术都可以进行恢复.下面结合图片进行简单的演示,首先有原始数据n个,然后加入m个校验数据块.如下图所示: Parity部分就是校验数据块,我们把一行数据块组成为Stripe条带,每行条带由n个数据块和m个校验块组成.原始数据块和校验数据块都可以通过现有的数据块进行恢复,原则如下: 如果校验数据块发生错误,通过对原始数据块进行编码重新生成如果原始数据块发生错误, 通过校验数据块的解码可以重新生成。 而且m和n的值并不是固定不变的,可以进行相应调整。可能有人会好奇,这其中到底是什么原理呢? 其实道理很简单,你把上面这图看成矩阵,由于矩阵的运算具有可逆性,所以就能使数据进行恢复,给出一张标准的矩阵相乘图,大家可以将二者关联。 3. Hadoop3.0 总结 Hadoop 3.0的alpha版预计今年夏天发布,GA版本11月或12月发布。 Hadoop 3.0中引入了一些重要的功能和优化,包括HDFS 可擦除编码、多Namenode支持、MR Native Task优化、YARN基于cgroup的内存和磁盘IO隔离、YARN container resizing等。 本文转自d1net(转载)

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Nacos

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Nacos /nɑ:kəʊs/ 是 Dynamic Naming and Configuration Service 的首字母简称,一个易于构建 AI Agent 应用的动态服务发现、配置管理和AI智能体管理平台。Nacos 致力于帮助您发现、配置和管理微服务及AI智能体应用。Nacos 提供了一组简单易用的特性集,帮助您快速实现动态服务发现、服务配置、服务元数据、流量管理。Nacos 帮助您更敏捷和容易地构建、交付和管理微服务平台。

Rocky Linux

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Rocky Linux(中文名:洛基)是由Gregory Kurtzer于2020年12月发起的企业级Linux发行版,作为CentOS稳定版停止维护后与RHEL(Red Hat Enterprise Linux)完全兼容的开源替代方案,由社区拥有并管理,支持x86_64、aarch64等架构。其通过重新编译RHEL源代码提供长期稳定性,采用模块化包装和SELinux安全架构,默认包含GNOME桌面环境及XFS文件系统,支持十年生命周期更新。

Sublime Text

Sublime Text

Sublime Text具有漂亮的用户界面和强大的功能,例如代码缩略图,Python的插件,代码段等。还可自定义键绑定,菜单和工具栏。Sublime Text 的主要功能包括:拼写检查,书签,完整的 Python API , Goto 功能,即时项目切换,多选择,多窗口等等。Sublime Text 是一个跨平台的编辑器,同时支持Windows、Linux、Mac OS X等操作系统。

WebStorm

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WebStorm 是jetbrains公司旗下一款JavaScript 开发工具。目前已经被广大中国JS开发者誉为“Web前端开发神器”、“最强大的HTML5编辑器”、“最智能的JavaScript IDE”等。与IntelliJ IDEA同源,继承了IntelliJ IDEA强大的JS部分的功能。

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