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Nat. Methods | 人类蛋白质亚细胞定位序列预测方法的综合基准评测

蛋白质亚细胞定位决定了蛋白质发挥功能的空间位置,也是解析蛋白质功能、相互作用网络以及疾病机制的重要基础。近年来,大量基于蛋白质序列的亚细胞定位预测模型不断涌现,但现有评测通常存在测试集规模较小、亚细胞分类粒度较粗以及仅支持单标签预测等问题,而事实上约一半的人类蛋白质具有多亚细胞定位特性。研究人员整合 UniProt、Human Protein Atlas(HPA)和 OpenCell 三个权威数据库,构建了包含3,814个人类蛋白质的高可信度基准测试集,其规模约为现有标准测试集的两倍。基于该数据集,研究人员系统评测了主流序列预测模型以及不同蛋白质语言模型和特征聚合策略。结果发现,目前模型在精细...

Nat. Commun. | 双图表示增强Transformer模型的分子性质预测

准确预测分子性质是化学、材料科学和药物研发中的核心问题,其性能高度依赖于分子表示方式。近年来,Transformer模型凭借全局自注意力机制逐渐应用于分子学习,但如何充分编码原子、化学键、拓扑结构及立体几何信息,仍然是限制模型性能的重要因素。研究人员提出了一种名为Dual Graph Transformer(DGT)的新型深度学习框架,通过同时构建原子图和键图两种互补表示,在自注意力机制中联合建模原子特征、键特征、图拓扑、环结构以及三维立体信息,实现更加完整的分子表示。

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Spring框架(Spring Framework)是由Rod Johnson于2002年提出的开源Java企业级应用框架,旨在通过使用JavaBean替代传统EJB实现方式降低企业级编程开发的复杂性。该框架基于简单性、可测试性和松耦合性设计理念,提供核心容器、应用上下文、数据访问集成等模块,支持整合Hibernate、Struts等第三方框架,其适用范围不仅限于服务器端开发,绝大多数Java应用均可从中受益。

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Rocky Linux(中文名:洛基)是由Gregory Kurtzer于2020年12月发起的企业级Linux发行版,作为CentOS稳定版停止维护后与RHEL(Red Hat Enterprise Linux)完全兼容的开源替代方案,由社区拥有并管理,支持x86_64、aarch64等架构。其通过重新编译RHEL源代码提供长期稳定性,采用模块化包装和SELinux安全架构,默认包含GNOME桌面环境及XFS文件系统,支持十年生命周期更新。

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