那些MECAT组装基因组中遇到的坑
链接 Github地址和文章的链接: https://github.com/xiaochuanle/MECAThttps://www.biorxiv.org/node/26657 在MECAT的文章2017年正式发表没过几天的时候就试过安装mecat,当时遇到了一些奇怪的问题,现在想来大概是因为对linux不够熟悉只会复制粘贴代码造成的吧。昨天,2018.1.20,在阿里云服务器和腾讯云的服务器上疯狂尝试了两轮才发现问题所在。还是太年轻。复制粘贴确实能避免很多因为手残导致的问题,但还是要认真审视代码的呢。一味无脑复制人家的代码只会闹这样的低级笑话。 安装的坑 主要是给我这种初学者和粗心的小伙伴们提个醒: install HDF5 这里的这个位置跟自己电脑的位置大概率来说是不一样的噢,所以别一股脑的就复制进去了,然后安装在了一个奇怪的位置(别问我是怎么知道的……说多了心累……)我直接就安装在了 /home/hanschen/hdf5这个位置。下面写export的地方别忘了也改一下噢。 quick start的坑 MECAT官网是提供pacbio和nanopore两种测序方式的组装的,也提...