如何使用Python对参数进行解析

主要用到一个库argparse，用ArgumentParser创建参数解析对象ArgumentParser，而用add_argument()在解析对象里添加要解析的参数. 最后用parse_args()进行解析，返回参数所在的命名空间。如果涉及到子命令，则还需要add_subparsers。

第一步：创建ArgumentParser对象。

import argparse
parser = argparse.ArgumentParser(description='covert all-sites vcf to fa')

尽管还有其他许多参数，诸如prog,usage,add_abbre等，但大部分情况只需要用到description参数，用来说明这个命令行工具的用途即可。

第二步：添加需要解析的参数

parser.add_argument('--filepath', '-f',nargs=1,required=True,help='provide a vcf file path')

这里表明，需要提供一个文件路径，且是必须。

第三步：解析命令

args = parser.parse_args()

综上，整合我已经写了的vcf转换成fa的代码，最后如下

import argparse
import re

# parse the args
parser = argparse.ArgumentParser(description='convert all-sites vcf to fa.')
parser.add_argument('--filepath','-f', nargs=1, required=True, help='a vcf file path')
args = parser.parse_args()

vcf = open(args.filepath[0])

pattern = re.compile('.*?DP=(\\d+);.*?')
current_pos = 0
min_depth = 15
seq_arr = [i for i in range(13124)]


for line in vcf.readlines():
    cols = line.split('\t')
    # get the current position
    current_chr = cols[0]
    pos = int(cols[1]) - 1
    # get the reference base and alternative base
    ref_base = cols[3]
    alt_base = cols[4]
    depth = int(re.findall(pattern = pattern, string= cols[7])[0])
    if depth > min_depth:
        if alt_base == '.':
            seq_arr[pos] = ref_base
        else:
            seq_arr[pos] = ''
    else:
        seq_arr[pos] = ''

fa = ''.join(seq_arr)
vcf.close()

with open('result.fa','wb') as f:
    f.write(fa)

代码还有继续的优化的余地。不过能用就行了。