文献分享--泛肿瘤空间转录组学揭示了肿瘤组织的保守特性
摘要： 肿瘤微环境（TME）是一个由多种细胞、蛋白质和其他生物成分构成的复杂体系，深刻影响肿瘤的生长、转移和治疗反应。TME内的生物学变异在遗传、通路、细胞和组织层面均具有临床相关性，例如黑色素瘤中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）评分和结直肠癌中“免疫评分”（CD3⁺/CD8⁺ T细胞的空间平衡）已被证实具有预后和预测价值。然而，空间分子 profiling 研究显示，肿瘤内部和肿瘤之间存在巨大的异质性，使得阐明TME的组织原则极为困难，也限制了空间 profiling 的临床应用。近期研究发现了一些复现的多细胞空间结构与肿瘤生物学和预后相关，但这些研究多依赖有限预选标记物的蛋白质检测，可能无法揭示普遍规律。空间转录组学（ST-seq）可实现无偏评估，但其数据复杂性阻碍了从描述到原理发现的跨越。受蛋白质科学、基因组学和微生物组中协变分析方法的启发，作者假设对多样本（泛肿瘤）ST-seq数据进行协变分析，可能揭示TME空间生物学的保守模式。为此，他们开发了TumorSPACE算法，在262个实体瘤（18种类型）中识别出转录协变的层次化区域——“空间群”（SGs），并以此构建了泛癌种TME空间生物学模型，发现免疫是主导变异轴，且该分类在独立NSCLC ICB治疗队列中能区分疗效。
