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Proc. Natl. Acad. Sci. | AI蛋白质结构预测模型对静电相互作用的刻画精度

近年来,以AlphaFold2、RoseTTAFold、ESMFold和OmegaFold为代表的人工智能蛋白质结构预测模型极大推动了结构生物学的发展。然而,这些模型是否真正掌握了决定蛋白质稳定性的物理化学规律,尤其是静电相互作用和可电离氨基酸残基的空间分布原则,仍缺乏系统评估。研究人员利用一个偶然获得的U1A蛋白突变体作为切入点,发现实验测得的蛋白质结构性质与AI预测结果存在显著差异。进一步通过系统设计数千种序列,在U1A、酰基磷酸酶(ACP)以及人工设计蛋白TOP7三个体系中逐步引入带电残基,全面评估不同AI模型的预测表现。结果表明,尽管AI模型能够较好维持整体折叠构象,却经常预测多个可电离残基被埋藏于疏水核心内部,这与经典蛋白质热力学规律明显矛盾。相比之下,短时间全原子分子动力学模拟能够迅速暴露这些不合理结构,使带电残基重新暴露于溶剂环境。研究人员认为,目前AI模型更多依赖训练数据中的统计模式,而非真正学习蛋白质折叠背后的热力学原理,因此建议在AI预测之后增加短时间分子动力学模拟作为重要的物理验证步骤。

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Mario

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马里奥是站在游戏界顶峰的超人气多面角色。马里奥靠吃蘑菇成长,特征是大鼻子、头戴帽子、身穿背带裤,还留着胡子。与他的双胞胎兄弟路易基一起,长年担任任天堂的招牌角色。

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Spring

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Spring框架(Spring Framework)是由Rod Johnson于2002年提出的开源Java企业级应用框架,旨在通过使用JavaBean替代传统EJB实现方式降低企业级编程开发的复杂性。该框架基于简单性、可测试性和松耦合性设计理念,提供核心容器、应用上下文、数据访问集成等模块,支持整合Hibernate、Struts等第三方框架,其适用范围不仅限于服务器端开发,绝大多数Java应用均可从中受益。

Rocky Linux

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Rocky Linux(中文名:洛基)是由Gregory Kurtzer于2020年12月发起的企业级Linux发行版,作为CentOS稳定版停止维护后与RHEL(Red Hat Enterprise Linux)完全兼容的开源替代方案,由社区拥有并管理,支持x86_64、aarch64等架构。其通过重新编译RHEL源代码提供长期稳定性,采用模块化包装和SELinux安全架构,默认包含GNOME桌面环境及XFS文件系统,支持十年生命周期更新。

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