Nature | AlphaFold3接触建模实现精准DNA碱基编辑
DNA碱基编辑技术能够在不引入DNA双链断裂的情况下实现单碱基精确修饰,是当前基因治疗和遗传疾病研究的重要工具。然而,脱靶编辑始终限制着其进一步应用。传统提高编辑器特异性的策略主要依赖结构经验设计或定向进化,不仅研发周期长,而且往往面临编辑活性与编辑精度难以兼顾的问题。研究人员提出了一种基于AlphaFold3的新型人工智能框架——ContactSeek,通过分析AlphaFold3预测得到的蛋白质—DNA—RNA复合物接触概率(Contact Probability,CP),寻找决定脱靶识别的关键接触区域及关键氨基酸,从而指导高精度碱基编辑器设计。研究首先建立了全新的dI-profiling...