Nucleic. Acids Res. | DeepAden: 基于深度学习的NRPS腺苷化结构域底物特异性预测方法
在天然产物研究中,非核糖体肽(NRP)是一类结构多样、活性丰富的重要天然产物,是临床药物先导化合物的重要来源。NRP的生物合成依赖于非核糖体肽合成酶(NRPS),其中腺苷化结构域(A domain)通过选择性识别和激活氨基酸底物来决定肽链核心结构。因此,准确预测A domain的底物特异性,对于理解NRP核心结构和生物合成逻辑至关重要。然而,现有预测工具面临两大瓶颈:一是基于单一共结晶结构(GrsA-Phe)定义的结合口袋残基在进化多样性A domain中的泛化能力有限,尤其是对非蛋白源底物的预测效果较差;二是底物数据严重不均衡,稀有底物样本匮乏,制约了模型的识别能力。