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GROMACS —— 分子动力学模拟工具包

GROMACS(全称:GROningen MAchine for Chemical Simulations,格罗宁根化学模拟体系),是用于研究生物分子体系的分子动力学模拟工具包,主要用来模拟研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子的性质。 它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。 它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等),研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。 GROMACS 是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。 分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法。它能够从原子层面给出体系的微观演变过程,直观的展示实验现象发生的机理与规律。 因此,分子动力学模拟在生物,药学,化学以及材料科学的研究中发挥着越来越重要的作用。 GROMACS 起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发,目前由来自世界各地的大学和研究机构维护。 主要功能 支持基本动力学相关算法,包括牛顿力学及随机动力学积分器、能量最小化、正则模式分析等。 支持温度及压强控制,支...

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