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仅用笔记本电脑解析90%蛋白质,单卡推理序列长度破万!Colossal-AI开源方案让AlphaFold推理提速5倍,显存降低75%

蛋白质是生命的物质基础,几乎支持着生命的所有功能。弄清楚蛋白质折叠成什么形状被称为 "蛋白质折叠问题",在过去的50年里一直是生物学的一个巨大挑战。AlphaFold将Transformer引入了蛋白质结构预测领域,首次获得了原子级别精度, 如今被广泛应用于生物研究与药物开发领域。但是实际部署AlphaFold模型也带来了诸多挑战: 1)AlphaFold推理对GPU显存的需求极大,使用原版AlphaFold推理长度为3千的氨基酸序列结构,至少需要60G显存。 2)一个长序列的推理时间对于AlphaFold模型来说甚至长达几个小时。 3)整体流程中,因为需要对若干数据库进行MSA检索,预处理部分耗时巨大。 今年三月份,开源项目Colossal-AI开源子系统FastFold对这些挑战做出了初步回应,在单张GPU上相比AlphaFold推理速度提升2.01~4.05倍。现在,新版FastFold来了! 新版FastFold通过细粒度显存管理优化将推理含有1200个残基的蛋白质结构所需的16GB显存降到5GB(单精度),远低于NVIDIA RTX3050的8GB显存,也就是说,你...

京东云开发者|京东云RDS数据迁移常见场景攻略

云时代已经来临,云上很多场景下都需要数据的迁移、备份和流转,各大云厂商也大都提供了自己的迁移工具。本文主要介绍京东云数据库为解决用户数据迁移的常见场景所提供的解决方案。 场景一:数据迁移上云 数据迁移上云是最常见的一类场景,目前京东云提供了两个DTS(Data Transformation Service)迁移工具供选择,一个是数据迁移,一个是数据同步: 二者的主要区别如下: 下面是这两个工具使用中的一些常见问题: 01 两个迁移工具的原理是什么? 以MySQL为例,两个工具都有全量迁移/增量迁移/数据校验三个阶段,这三个阶段的主要原理如下: 全量阶段: 数据迁移使用mysqldump --single-transaction来取得一致性快照,但无法保证非事务引擎表的数据一致性,加上增量才可以保证数据的最终一致性,这个过程是串行操作; 数据同步使用多表并行的select方式,根据主键顺序分批获取记录,循环执行,如果没有主键,则进行全表查询。为了最大限度减少对源实例的影响,这个过程不加锁,也不用开启事务获得一致读,因此全量期间迁移的数据是不一致的,通过增量阶段可以达到最终一致性。所以数据...

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Rocky Linux(中文名:洛基)是由Gregory Kurtzer于2020年12月发起的企业级Linux发行版,作为CentOS稳定版停止维护后与RHEL(Red Hat Enterprise Linux)完全兼容的开源替代方案,由社区拥有并管理,支持x86_64、aarch64等架构。其通过重新编译RHEL源代码提供长期稳定性,采用模块化包装和SELinux安全架构,默认包含GNOME桌面环境及XFS文件系统,支持十年生命周期更新。

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