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snakemake--我最喜欢的流程管理工具

框架工具选择 A review of bioinformatics pipeline framework 的作者对已有的工具进行很好的分类 工具推荐 作者的看法: implicit,也就是Make rule语法更适合用于整合不同执行工具 基于配置的流程更加稳定,也比较适合用于集群分配任务。 最后作者建议是: 如果实验室既不是纯粹的生物学试验(不需要workbench这种UI界面),也不需要高性能基于类的流程设计, 不太好选, 主要原则是投入和产出比 如果实验室进行的是重复性的研究,那么就需要对数据和软件进行版本控制, 建议是 configuration-based pipelines 如果实验室做的是探索性的概念证明类工作(exploratory proofs-of-concept),那么需要的是 DSL-based pipeline。 如果实验室用不到高性能计算机(HPC),只能用云服务器,就是server-based frameworks. 目前已有的流程可以在awesome-pipeline 进行查找。 就目前来看,pipeline frameworks & librar...

Java NIO(十六) Files

Java NIO Files类(java.nio.file.Files)提供了几种方法来处理文件系统中的文件。 这个Java NIO文件教程将涵盖这些方法中最常用的。 Files类包含许多方法,所以如果你需要一个在这里没有描述的方法,那么也检查JavaDoc。 Files类可能还有一个方法。 java.nio.file.Files类与java.nio.file.Path实例一起使用,所以在使用Files类之前,您需要了解Path类。 Files.exists() Files.exists()方法检查给定的Path是否存在于文件系统中。 可以创建文件系统中不存在的Path实例。 例如,如果您打算创建一个新的目录,您将首先创建相应的Path实例,然后创建该目录。 由于Path实例可能指向或不指向文件系统中存在的路径,因此可以使用Files.exists()方法来确定它们是否执行(以防需要检查)。 这里是一个Java Files.exists()的例子: Path path = Paths.get("data/logging.properties"); boolean pathExists ...

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