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转录组RNA-Seq使用docker+bioconda搭建分析环境

转录组RNA-Seq使用docker+bioconda搭建分析环境 前言 近期学习转录组分析,从ncbi下载数据,转成fastq,STAR/hisat2 map到基因组上,使用featureCount拿到表达矩阵文件挺顺利的,就是到了下游分析,开始使用R开始遇到了各种问题。 原因是之前一直使用的一个docker 环境是基于ubuntu 16.04的,上面的R版本是3.2.3,在进行下游分析的时候各种R包安装不上,原因也是R版本太旧。经历了各种问题之后终于忍无可忍,决心重新构建一个RNA-Seq的docker分析环境,本文作为记录以备后查。 基于docker构建环境 笔者使用docker的方式属于网上不推荐的方式,类似于虚拟机镜像。原因就是懒得去编写dockerfile,感觉太麻烦。 极速安装docker极速安装docker-compose #从以下网址下载docker-compose,将docker-compose文件放在path变量目录下如:/usr/local/bin https://github.com/docker/compose/releases 选择docker镜像并构建基...

原创 | 想做推荐算法?先把FM模型搞懂再说

点击上方蓝字,关注并星标,和我一起学技术。 在上一篇文章当中我们剖析了Facebook的著名论文GBDT+LR,虽然这篇paper在业内广受好评,但是毕竟GBDT已经是有些老旧的模型了。今天我们要介绍一个业内使用得更多的模型,它诞生于2010年,原作者是Steffen Rendle。虽然诞生得更早,但是它的活力更强,并且衍生出了多种版本。我们今天剖析的就是这篇2010年最经典的原版论文。 说到推荐、广告的算法模型,几乎很难绕开FM,它是一个非常强的模型。理论简单、推导严谨、实现容易,并且效果不俗。即使是目前仍然在各大厂商当中发挥用场,在一些小厂当中甚至是主力模型。我们初看之前也许还有疑惑,但是相信当大家看完之后,必然会有全新的认识。 同样,这是一篇长文,希望大家耐心读到最后。 简介 FM的全称是Factorization Machines,翻译过来就是因式分解机,这么翻译很拗口,不得其神也不得其形,所以我们一般都不翻译简称为FM模型。 论文开篇就讲了FM模型的种种好处,比如和SVM对比,它能够在稀疏的特征当中仍然拥有很好的表现,并且FM的效率非常高,可以在线性时间内获得结果。并且不像非...

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Spring框架(Spring Framework)是由Rod Johnson于2002年提出的开源Java企业级应用框架,旨在通过使用JavaBean替代传统EJB实现方式降低企业级编程开发的复杂性。该框架基于简单性、可测试性和松耦合性设计理念,提供核心容器、应用上下文、数据访问集成等模块,支持整合Hibernate、Struts等第三方框架,其适用范围不仅限于服务器端开发,绝大多数Java应用均可从中受益。

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