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【云栖号案例 | 医疗健康】华大基因上云 打造精准医疗应用云平台日志方案

云栖号案例库:【点击查看更多上云案例】不知道怎么上云?看云栖号案例库,了解不同行业不同发展阶段的上云方案,助力你上云决策! 公司简介 华大基因是中国最领先的基因科技公司,华大基因为消除人类病痛、经济危机、国家灾难、濒危动物保护、缩小贫富差距等方面提供分子遗传层面的技术支持。目前,世界上只有两个国家的三个公司可以生产、量产临床级别的基因测序仪,华大基因是中国的唯一一家。我们在基因的产权研发方面从1999年开始做了很多的工作。在2014年,我们与阿里云有了初步的接触,在2015年上线了我国第一个基因云计算平台。 业务痛点 我们与阿里云合作是因为我们看到基因技术从过去的只在实验室中逐渐进入到广大群众的生活场景当中,不管是在医学健康方面、生殖健康方面、肿瘤防治方面、病原感染方面还是农业育种,以及与我们每个人息息相关的健康管理,基因技术已经取得越来越多的应用场景,在国产基因测序仪的助力之下,基因数据产生的体量也越来越庞大,远远的超出了原有的计算能力所能支持的范围。 解决方案 针对上述情况,华大基因业务逐步迁移到阿里云计算平台之上。 新的日志分析架构如页面下方架构图所示。 计算集群:本地IDC作为原始测序数据(FastQ)的计算集群。 存储:阿里云OSS用于比对结果数据和测序数据。在存储方面,我们也使用了阿里的产品,每年我们会产生非常多的基因数据,明年我们计划对十万人进行基因组的基因测序和分析,我们将与阿里云计算平台一起在2018年用国产测序仪完成计算、分析和交付。 大数据计算:批量计算、Maxcompute等一些异构计算方式,使我们原先需要几周甚至更长时间才能完成的计算任务在一两天内得以解决。在我们现在进行的百万人基因组项目中,阿里云的Maxcompute技术帮助我们大大加速了对于人群结构的分析速度的进展。 1.使用阿里云MaxCompute处理群体变异检测和人群遗传结构分析。2.通过BatchCompute完成数据质控和比对。 上云价值 另外,在对百万人的基因数据进行遗传结构分析时,我们需要把每一个人与剩余的所有人进行遗传距离计算,这个计算量是巨大的,计算复杂度已经远远超出了传统计算条件下硬件设备所能承受的能力范围,通过使用Maxcompute,我们已经在这方面取得了技术突破,其中,我们在几小时内就可以把一个人与十万人中所有遗传距离进行计算,计算成本大幅降低至1000美金以内,这样的例子我们还在不断的开发中,相信Maxcompute也会给我们带来更多的惊喜。 相关产品 大数据计算服务 · MaxCompute MaxCompute(原ODPS)是一项大数据计算服务,它能提供快速、完全托管的PB级数据仓库解决方案,使您可以经济并高效的分析处理海量数据。更多关于阿里云MaxCompute的介绍,参见MaxCompute产品详情页。 批量计算 批量计算(BatchCompute)是一种适用于大规模并行批处理作业的分布式云服务。BatchCompute可支持海量作业并发规模,系统自动完成资源管理,作业调度和数据加载,并按实际使用量计费。BatchCompute广泛应用于电影动画渲染、生物数据分析、多媒体转码、金融保险分析、科学计算等领域。更多关于批量计算的介绍,参见批量计算产品详情页。 对象存储OSS 阿里云对象存储服务(Object Storage Service,简称 OSS),是阿里云提供的海量、安全、低成本、高可靠的云存储服务。其数据设计持久性不低于 99.9999999999%(12 个 9),服务设计可用性(或业务连续性)不低于 99.995%。更多关于对象存储OSS的介绍,参见对象存储OSS产品详情页。 【云栖号在线课堂】每天都有产品技术专家分享! 在线课堂地址:https://yqh.aliyun.com/zhibo 立即加入社群,与专家面对面,及时了解课程最新动态! 【云栖号在线课堂 社群】https://c.tb.cn/F3.Z8gvnK

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苹果热门项目首席维护者:开源不易,GitHub 不可信

此前,我们曾报道了GitHub 封锁受美国制裁公司的俄罗斯开发人员账户。该平台的这一举措不可避免的带来了一些破坏性的副作用,苹果开发者社区两个热门项目 Quick 和 Nimble 的首席维护者 Jesse Squires近日就发文控诉称,“但似乎 GitHub 并没有完全考虑到这一点,因为这些账户的封停正在搞砸我的项目。” Jesse 在其个人博客中指出,Quick 5.0 版本已于几天前发布。在发布前的一周里,他曾审查并合并了许多 PR;但是当他准备写 release notes 时,神奇的事情发生了 —— 一些 PR 被删除了,更过分的是整个贡献者的存在都消失了。 “他们在 issue 上的所有评论都消失了,他们打开的所有 issue 都消失了,他们打开的所有 PR 都消失了。与该用户有关的每一项活动都消失了。这 TM 的是什么情况?” Jesse 以项目中一个关键性的 bug 修复PR #1129 进行了举例,大家可以从 GitHub 的自动生成的 release notes 中看到这一行: @BobCatCmade their first contribution in#1129 “但用户账户和 PR 的结果都是 404。但是你可以在这里找到合并提交,这是所有关于这一变化的历史记录”。 维护者 Rachel Brindle 还打开了一个 PR(另一个重要的 bug 修复),但引入该 bug 的原始 PR 也已经被删除。“引入它的原始 PR 后来被删除了,所以我不确定该贡献的确切意图。” 在经历过短暂的疑惑后,Jesse 终于意识到这些“神秘的消失”都是由于 GitHub 轻率地暂停了俄罗斯开发者的账户,而没有考虑到其破坏性的副作用所造成的。目前已有多位 Quick 的贡献者账户被封禁,“这意味着除了原始 commit 历史之外,我们已经失去了他们的所有贡献。” 我不清楚 GitHub 暂停这些账户的目的是什么,但对于任何与现在被暂停的账户有互动的开源项目来说,这似乎是难以置信的破坏性。在像 Twitter 这样的服务中,你可以访问已暂停帐户的占位符配置文件,并看到一条传达该账户被停用的信息,而其他用户对该账户的 @mentions 仍然链接到被停用的账户的资料。在 GitHub 上,情况完全不是这样的。 显然,在 GitHub 上“suspending an account”实际上意味着删除一个用户的所有活动。这导致(1)被停用账户的每一个 PR 都被删除,(2)被停用账户打开的每一个 issue 都被删除,(3)被停用账户的每一个评论或讨论都被删除。实际上,用户的整个活动和历史都被蒸发掉了;所有这些有价值的数据都会丢失,唯一保留下来的是原始的 Git commit 历史。就好像这个用户从未存在过一样。 同样,目前我还不清楚数据丢失是 GitHub 的目标还是这是一个失误。无论怎样,这都是一个巨大的问题。在没有通知的情况下删除这些数据是对信任的一种滥用。我们还应该继续把重要数据存放在 GitHub 上吗? 除了此前发布的一篇声称会“为包括俄罗斯开发者在内的所有开发者提供服务”的声明外,GitHub 没有发布任何有关当下这一封禁举措的通知或沟通。Jesse 称,“这绝对是令人困惑的”。 我在这个我接手的项目上只工作了一个星期左右,试图像一个好的维护者一样勤奋地跟踪变化,然后各种奇特的、意想不到的怪事开始发生。我不知道的是,GitHub 正悄悄地加入了西方世界其他国家的行列,以惩罚无辜的俄罗斯平民......我不明白删除 GitHub 账户和造成平民的食物短缺是谁的'胜利'。据我所知,现在失踪的贡献者只是对社区开源项目感兴趣的普通 iOS 和 macOS 开发者。 来自 GitHub 的这些行为对开源项目和开源社区是有害的和破坏性的。突然之间,我看到那些积极为项目做出贡献的用户的 PR、issue 和 comment 都消失了。我们丢失了关于 issue 和 PR 的宝贵贡献、信息、上下文和讨论历史,我们甚至丢失了开放且正在积极审查的 PR。这些工作现在已经完全、永远地消失了。对于合并的拉取请求,我们有原始的 commit 历史,但这不能代替完整的代码审查和讨论。 维护开源项目已经很困难了。继承一个旧的、被忽视的项目,并试图让它回到正轨,这就更难了。在这种情况下,每一个 PR、issue 和 comment 对于项目的长期维护和成功都很重要。评论、讨论和代码审查提供了宝贵的背景资料,而这些资料并不总能在 commit 历史中体现出来,特别是对于那些多年来经历了多个维护者的开源项目。我认为 GitHub 的正确解决方案应该是保留所有的贡献,冻结可疑账户以防止未来的活动,并在账户资料页面上明确标明封停。然后,在可能的情况下,重新启用这些账户。但显然,GitHub 认为最好的办法是将其全部删除。 所以,感谢 GitHub 把事情搞砸了。

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【云栖号案例 | 医疗健康】华大基因

云栖号案例库:【点击查看更多上云案例】不知道怎么上云?看云栖号案例库,了解不同行业不同发展阶段的上云方案,助力你上云决策! 客户简介 华大基因是一个专门从事生命科学的科技前沿机构。以学、研、用为主的科研方式。涉及人类、医学、农业、畜牧、濒危动物保护等分子遗传层面的科技研究。华大基因研究院凭借强大的科研能力及先进的组学技术平台,先后参与及主导了多项国际性的科研项目,并在众多研究领域取得重大突破。 选择阿里云 基于BGI Online的基因数据分析需求,华大基因在阿里云平台上,设计了计算资源弹性伸缩、多级存储、海量存储计算与数据安全的云平台架构。通过专线接入,来传输测序中心几十TB/day的数据;通过平台多数据中心部署,计算能力放至数据所在地,为美国、欧洲与中国等提供测序;混合使用阿里云的多种计算服务,数据通过OSS来互通。通过ECS在线上高灵活度地输出基因测序、利用批量计算测序可大规模降低成本,MaxCompute实现MapReduce小时级测序。合作过程中,阿里云为华大基因提供了企业级支持服务和专家服务,保障华大基因的云上业务搭建与运转。包括指导产品选型与使用技术、提供APM报告及相应性能的分析优化;排查整改系统安全隐患、对生产高峰的任务支持进行专门保障。从曾经三四天才能输出一人基因分析,到如今实现了22小时内达成千人基因组分析的人类梦想。 获得的成效 “基因组学数据是‘天然’的大数据,计算分析的价值会超过测序本身,与云计算和大数据技术的结合是行业的需要。基因测序为生物技术带来的改变,为生命创造的价值,值得我们为之努力。” 相关产品和服务 相关产品: 云服务器ECS 云服务器(Elastic Compute Service,简称ECS)是阿里云提供的性能卓越、稳定可靠、弹性扩展的IaaS(Infrastructure as a Service)级别云计算服务。云服务器ECS免去了您采购IT硬件的前期准备,让您像使用水、电、天然气等公共资源一样便捷、高效地使用服务器,实现计算资源的即开即用和弹性伸缩。阿里云ECS持续提供创新型服务器,解决多种业务需求,助力您的业务发展。更多关于云服务器ECS的介绍,参见云服务器ECS产品详情页。 对象存储OSS 阿里云对象存储服务(Object Storage Service,简称 OSS),是阿里云提供的海量、安全、低成本、高可靠的云存储服务。其数据设计持久性不低于 99.9999999999%(12 个 9),服务设计可用性(或业务连续性)不低于 99.995%。 更多关于对象存储OSS的介绍,参见对象存储OSS产品详情页。 大数据计算服务 · MaxCompute MaxCompute(原ODPS)是一项大数据计算服务,它能提供快速、完全托管的PB级数据仓库解决方案,使您可以经济并高效的分析处理海量数据。 更多关于阿里云MaxCompute的介绍,参见MaxCompute产品详情页。 相关服务: 企业级支持计划 企业级支持计划进一步拓展了服务渠道,专人专群支持,为客户的云上问题解决提供更完善的保障。 更多关于企业级支持计划的介绍,参见企业级支持计划详情页。 数据库首席专家服务 褚霸首席团队,提供架构设计、数据安全、数据库实例健康诊断、数据库性能调优、故障排查等服务。专家在分布式系统设计、系统内核优化、高可靠和高性能系统的构建等方面,具有丰富的经验。 更多关于数据库首席专家服务的介绍,参见数据库首席专家服务详情页。 迁云实施服务 通过技术支持或协助实现客户的在线业务系统、数据库及存储等内容迁移到阿里云,并顺利完成业务系统的割接。 更多关于迁云实施服务的介绍,参见迁云实施服务详情页。 系统与平台首席专家服务 多隆首席团队,在系统内核、计算、存储、网络、虚拟化、分布式架构设计、高可靠和高性能系统设计等方面,均有丰富经验。 更多系统与平台首席专家服务的介绍,参见技术托管服务详情页。 云栖号案例库:【点击查看更多上云案例】不知道怎么上云?看云栖号案例库,了解不同行业不同发展阶段的上云方案,助力你上云决策!

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马里奥是站在游戏界顶峰的超人气多面角色。马里奥靠吃蘑菇成长,特征是大鼻子、头戴帽子、身穿背带裤,还留着胡子。与他的双胞胎兄弟路易基一起,长年担任任天堂的招牌角色。

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Spring框架(Spring Framework)是由Rod Johnson于2002年提出的开源Java企业级应用框架,旨在通过使用JavaBean替代传统EJB实现方式降低企业级编程开发的复杂性。该框架基于简单性、可测试性和松耦合性设计理念,提供核心容器、应用上下文、数据访问集成等模块,支持整合Hibernate、Struts等第三方框架,其适用范围不仅限于服务器端开发,绝大多数Java应用均可从中受益。

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