刚刚买的阿里云服务器ECS镜像CentOS 6.5 64位。
准备配置个laravel跑，另外之前一直使用mysql，因为php7 & mariadb跟php5 & mysql开发的变化，没有使用最新版本。
参考此文使用yum install安装的lnmp版本为：nginx-1.10.2、php5.3.3、mysql5.1。装完后配置phpMyAdmin-4.6.3及最新版本都报不同错误，于是对php、mysql版本升级。
如果你yum或者rpm升级mysql中，可能跟我一样，遇到各种libc.so.6依赖及版本问题（发现应该是yum的源支持的glibc的版本最高就支持到2.12这个版本，而mysql5.6需要2.17的版本。所以依靠yum根本解决不了。），折腾一番后，看到这里的建议，mysql5.6直接使用源码安装的方法，胜利完成整个环境配置。
最终软件版本

nginx-1.10.2
php-5.6.28
mysql-5.6.22

目录规划

/var/www/html/
            phpMyAdmin      <-----------------phpMyAdmin
            your-project    <-----------------项目
            your-project2

/usr/local/
            mysql           <-----------------自编译软件
            nginx

/opt/
    soft                    <-----------------软件资料
    data/mysql              <-----------------数据库文件

Nginx

yum install nginx
nginx -t
service nginx start

vi /etc/nginx/conf.d/default.conf
# 修改为 listen 80;


vi /etc/nginx/conf.d/your-domain.conf

#
# /etc/nginx/conf.d/*.conf
#

server {
    listen 80;
    server_name  your-domain;
    root         /var/www/html;

    access_log /var/log/nginx/your-domain_access.log;
    error_log /var/log/nginx/your-domain_error.log;

    index  index.php index.html index.htm;

    location ~ \.php$ {
        fastcgi_pass   127.0.0.1:9000;
        fastcgi_index  index.php;
        fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  /var/www/html$fastcgi_script_name;
        include        fastcgi_params;
    }

    location / {
        autoindex on;
    }

    error_page 404 /404.html;
        location = /40x.html {
    }

    error_page 500 502 503 504 /50x.html;
        location = /50x.html {
    }
}

service nginx reload

# 设置开机自动启动
chkconfig nginx on

PHP
追加remi源

rpm -Uvh http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/fedora/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm
rpm -Uvh http://rpms.famillecollet.com/enterprise/remi-release-6.rpm

安装php56

yum install --enablerepo=remi --enablerepo=remi-php56 php php-bcmath php-cli php-common php-devel php-fpm php-gd php-imap php-ldap php-mbstring php-mcrypt php-pecl-apc php-mysqlnd php-mysql php-odbc php-pdo php-gd php-mcrypt php-pear php-pecl-igbinary php-xml php-xmlrpc

配置php.ini

vi /etc/php.ini
#修改为 date.timezone = PRC

启动php

service php-fpm status

service php-fpm start
service php-fpm restart

# 设置开机自动启动 
chkconfig php-fpm on

MySQL
安装工具和库

yum -y install gcc gcc-c++ ncurses-devel perl cmake

设置用户和组

groupadd mysql
useradd -r -g mysql mysql

新建数据目录

mkdir -p /usr/local/mysql
mkdir -p /opt/data/mysql

下载mysql-5.6.22

mkdir -p /opt/soft
cd /opt/soft
wget http://cdn.mysql.com/archives/mysql-5.6/mysql-5.6.22.tar.gz

编译安装MySQL

cd /opt/soft
tar -zxv -f mysql-5.6.22.tar.gz
cd mysql-5.6.22

从mysql5.5起，mysql源码安装开始使用cmake了。
设置编译参数

cmake \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/mysql \
-DMYSQL_UNIX_ADDR=/tmp/mysqld.sock \
-DDEFAULT_CHARSET=utf8 \
-DDEFAULT_COLLATION=utf8_general_ci \
-DWITH_INNOBASE_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_ARCHIVE_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_BLACKHOLE_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_FEDERATED_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_PARTITION_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_PERFSCHEMA_STORAGE_ENGINE=1 \
-DMYSQL_DATADIR=/opt/data/mysql \
-DEXTRA_CHARSETS=all \
-DMYSQL_TCP_PORT=3306

注：重新运行配置，需要删除CMakeCache.txt文件

rm CMakeCache.txt

编译安装

make && make install

修改mysql目录所有者和组

chown -R mysql:mysql /usr/local/mysql
chown -R mysql:mysql /opt/data/mysql

初始化数据库

cd /usr/local/mysql
./scripts/mysql_install_db --user=mysql --basedir=/usr/local/mysql --datadir=/opt/data/mysql

复制mysql服务启动配置文件
注：如果/etc/my.cnf文件存在，则先删除。

cp /usr/local/mysql/support-files/my-default.cnf /etc/my.cnf

复制mysql服务启动脚本及加入PATH路径
拷贝服务脚本到init.d目录

cp support-files/mysql.server /etc/init.d/mysqld

编辑/etc/profile文件

vi /etc/profile

在文件末尾添加

PATH=/usr/local/mysql/bin:/usr/local/mysql/lib:$PATH
export PATH

关闭文件，运行下面的命令，让配置立即生效

source /etc/profile

启动mysql服务并设置开机启动

service mysqld start
chkconfig --level 35 mysqld on

检查mysql服务是否启动

netstat -tulnp | grep 3306
mysql -u root -p

密码为空，如果能登陆上，则安装成功。
修改MySQL用户root的密码

/usr/local/mysql/bin/mysqladmin -u root password '123456'

也可以进入mysql后修改

mysql -uroot
mysql> SET PASSWORD = PASSWORD('123456');
#删除多余用户
mysql> use mysql;
mysql> select host,user,password from user;
mysql> delete from user where not (user='root') ;
mysql> delete from user where user='root' and password='';

#删除测试数据库
mysql> show databases;
mysql> drop database test;

#设置root可以远程连接
ysql> update user  set host='%' where user='root';
mysql>flush privileges;

phpMyAdmin-4.6.3上传上去解压，然后配置 config.inc.php。
测试文件

<?php
//date
echo date("Y-m-d H:i:s")."<br />\\n";

//phpinfo
phpinfo();

//mysql
try {
    $conn = new PDO('mysql:host=127.0.0.1;port=3306;dbname=mysql;charset=utf8', 'root', '123456');
} catch (PDOException $e) {
    echo 'Connection failed: ' . $e->getMessage();
}
//$conn->exec('set names utf8');
$sql = "SELECT * FROM `user` WHERE 1";
$result = $conn->query($sql);
while($rows = $result->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)) {
    echo $rows['Host'] . ' ' . $rows['User']."<br />\\n";
}
?>

至此，一台重启后也可自启动的php运行环境的服务器就好了。此时可以 更改密码、删除不安全的用户、阿里云控制台创建快照，以备后面回滚等等......