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助力药物研发,低成本加速AlphaFold训练从11天到67小时,11倍推理加速——开源解决方案FastFold

AlphaFold被Science和Nature评选为2021年十大科学突破之首。潞晨科技与华深智药联合开源的AlphaFold训练推理加速方案FastFold,将GPU优化和大模型训练技术引入AlphaFold的训练和推理,成功将AlphaFold总体训练时间从11天减少到67小时,且总成本更低,在长序列推理中也实现9.3 ∼ 11.6倍提升。 FastFold开源地址:https://github.com/hpcaitech/FastFold 蛋白质与AlphaFold 蛋白质是生命的物质基础,几乎支持着生命的所有功能。它们是由氨基酸链组成的大型复杂分子,而蛋白质的作用主要取决于其独特的三维结构。弄清楚蛋白质折叠成什么形状被称为 "蛋白质折叠问题",在过去的50年里一直是生物学的一个巨大挑战。 AlphaFold预测与实验测量的蛋白质结构对比 实验和计算方法都可用于预测蛋白质结构。实验方法可以获得更准确的蛋白质结构,但需要昂贵的时间和经济成本。计算方法可以用低成本进行高通量的蛋白质结构预测,所以准确的计算方法一直是学术界和工业界努力的方向。2020年,Google DeepMind...

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1. 使用gs_restore命令导入数据 操作场景 gs_restore是openGauss数据库提供的与gs_dump配套的导入工具。通过该工具,可将gs_dump导出的文件导入至数据库。gs_restore支持导入的文件格式包含自定义归档格式、目录归档格式和tar归档格式。 gs_restore具备如下两种功能。 导入至数据库 如果指定了数据库,则数据将被导入到指定的数据库中。其中,并行导入必须指定连接数据库的密码。导入时生成列会自动更新,并像普通列一样保存。 导入至脚本文件 如果未指定导入数据库,则创建包含重建数据库所需的SQL语句脚本,并将其写入至文件或者标准输出。该脚本文件等效于gs_dump导出的纯文本格式文件。 gs_restore工具在导入时,允许用户选择需要导入的内容,并支持在数据导入前对等待导入的内容进行排序。 操作步骤 说明:gs_restore默认是以追加的方式进行数据导入。为避免多次导入造成数据异常,在进行导入时,建议选择使用”-c” 和”-e”参数。”-c”表示在重新创建数据库对象前,清理(删除)已存在于将要还原的数据库中的数据库对象;”-e”表示当发送S...

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