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PyODPS DataFrame 处理笛卡尔积的几种方式

日期:2019-06-13点击:212

PyODPS 提供了 DataFrame API 来用类似 pandas 的接口进行大规模数据分析以及预处理,本文主要介绍如何使用 PyODPS 执行笛卡尔积的操作。

笛卡尔积最常出现的场景是两两之间需要比较或者运算。以计算地理位置距离为例,假设大表 Coordinates1 存储目标点经纬度坐标,共有 M 行数据,小表 Coordinates2 存储出发点经纬度坐标,共有 N 行数据,现在需要计算所有离目标点最近的出发点坐标。对于一个目标点来说,我们需要计算所有的出发点到目标点的距离,然后找到最小距离,所以整个中间过程需要产生 M * N 条数据,也就是一个笛卡尔积问题。

haversine 公式

首先简单介绍一下背景知识,已知两个地理位置的坐标点的经纬度,求解两点之间的距离可以使用 haversine 公式,使用 Python 的表达如下:

def haversine(lat1, lon1, lat2, lon2): # lat1, lon1 为位置 1 的经纬度坐标 # lat2, lon2 为位置 2 的经纬度坐标 import numpy as np dlon = np.radians(lon2 - lon1) dlat = np.radians(lat2 - lat1) a = np.sin( dlat /2 ) **2 + np.cos(np.radians(lat1)) * np.cos(np.radians(lat2)) * np.sin( dlon /2 ) **2 c = 2 * np.arcsin(np.sqrt(a)) r = 6371 # 地球平均半径,单位为公里 return c * r

MapJoin

目前最推荐的方法就是使用 mapjoin,PyODPS 中使用 mapjoin 的方式十分简单,只需要两个 dataframe join 时指定 mapjoin=True,执行时会对右表做 mapjoin 操作。

In [3]: df1 = o.get_table('coordinates1').to_df() In [4]: df2 = o.get_table('coordinates2').to_df() In [5]: df3 = df1.join(df2, mapjoin=True) In [6]: df1.schema Out[6]: odps.Schema { latitude float64 longitude float64 id string } In [7]: df2.schema Out[7]: odps.Schema { latitude float64 longitude float64 id string } In [8]: df3.schema Out[8]: odps.Schema { latitude_x float64 longitude_x float64 id_x string latitude_y float64 longitude_y float64 id_y string } 

可以看到在执行 join 时默认会将重名列加上 _x 和 _y 后缀,可通过在 suffixes 参数中传入一个二元 tuple 来自定义后缀,当有了 join 之后的表后,通过 PyODPS 中 DataFrame 的自建函数就可以计算出距离,十分简洁明了,并且效率很高。

In [9]: r = 6371 ...: dis1 = (df3.latitude_y - df3.latitude_x).radians() ...: dis2 = (df3.longitude_y - df3.longitude_x).radians() ...: a = (dis1 / 2).sin() ** 2 + df3.latitude_x.radians().cos() * df3.latitude_y.radians().cos() * (dis2 / 2).sin() ** 2 ...: df3['dis'] = 2 * a.sqrt().arcsin() * r In [12]: df3.head(10) Out[12]: latitude_x longitude_x id_x latitude_y longitude_y id_y dis 0 76.252432 59.628253 0 84.045210 6.517522 0 1246.864981 1 76.252432 59.628253 0 59.061796 0.794939 1 2925.953147 2 76.252432 59.628253 0 42.368304 30.119837 2 4020.604942 3 76.252432 59.628253 0 81.290936 51.682749 3 584.779748 4 76.252432 59.628253 0 34.665222 147.167070 4 6213.944942 5 76.252432 59.628253 0 58.058854 165.471565 5 4205.219179 6 76.252432 59.628253 0 79.150677 58.661890 6 323.070785 7 76.252432 59.628253 0 72.622352 123.195778 7 1839.380760 8 76.252432 59.628253 0 80.063614 138.845193 8 1703.782421 9 76.252432 59.628253 0 36.231584 90.774527 9 4717.284949 In [13]: df1.count() Out[13]: 2000 In [14]: df2.count() Out[14]: 100 In [15]: df3.count() Out[15]: 200000

df3 已经是有 M * N 条数据了,接下来如果需要知道最小距离,直接对 df3 调用 groupby 接上 min 聚合函数就可以得到每个目标点的最小距离。

 In [16]: df3.groupby('id_x').dis.min().head(10) Out[16]: dis_min 0 323.070785 1 64.755493 2 1249.283169 3 309.818288 4 1790.484748 5 385.107739 6 498.816157 7 615.987467 8 437.765432 9 272.589621 

DataFrame 自定义函数

如果我们需要知道对应最小距离的点的城市,也就是表中对应的 id ,可以在 mapjoin 之后调用 MapReduce,不过我们还有另一种方式是使用 DataFrame 的 apply 方法。要对一行数据使用自定义函数,可以使用 apply 方法,axis 参数必须为 1,表示在行上操作。

表资源

要注意 apply 是在服务端执行的 UDF,所以不能在函数内使用类似于df=o.get_table('table_name').to_df() 的表达式去获得表数据,具体原理可以参考PyODPS DataFrame 的代码在哪里跑。以本文中的情况为例,要想将表 1 与表 2 中所有的记录计算,那么需要将表 2 作为一个资源表,然后在自定义中引用该表资源。PyODPS 中使用表资源也十分方便,只需要将一个 collection 传入 resources 参数即可。collection 是个可迭代对象,不是一个 DataFrame 对象,不可以直接调用 DataFrame 的接口,每个迭代值是一个 namedtuple,可以通过字段名或者偏移来取对应的值。

## use dataframe udf df1 = o.get_table('coordinates1').to_df() df2 = o.get_table('coordinates2').to_df() def func(collections): import pandas as pd collection = collections[0] ids = [] latitudes = [] longitudes = [] for r in collection: ids.append(r.id) latitudes.append(r.latitude) longitudes.append(r.longitude) df = pd.DataFrame({'id': ids, 'latitude':latitudes, 'longitude':longitudes}) def h(x): df['dis'] = haversine(x.latitude, x.longitude, df.latitude, df.longitude) return df.iloc[df['dis'].idxmin()]['id'] return h df1[df1.id, df1.apply(func, resources=[df2], axis=1, reduce=True, types='string').rename('min_id')].execute( libraries=['pandas.zip', 'python-dateutil.zip', 'pytz.zip', 'six.tar.gz']) 

在自定义函数中,将表资源通过循环读成 pandas DataFrame,利用 pandas 的 loc 可以很方便的找到最小值对应的行,从而得到距离最近的出发点 id。另外,如果在自定义函数中需要使用到三方包(例如本例中的 pandas)可以参考这篇文章

全局变量

当小表的数据量十分小的时候,我们甚至可以将小表数据作为全局变量在自定义函数中使用。

df1 = o.get_table('coordinates1').to_df() df2 = o.get_table('coordinates2').to_df() df = df2.to_pandas() def func(x): df['dis'] = haversine(x.latitude, x.longitude, df.latitude, df.longitude) return df.iloc[df['dis'].idxmin()]['id'] df1[df1.id, df1.apply(func, axis=1, reduce=True, types='string').rename('min_id')].execute( libraries=['pandas.zip', 'python-dateutil.zip', 'pytz.zip', 'six.tar.gz'])

在上传函数的时候,会将函数内使用到的全局变量(上面代码中的 df) pickle 到 UDF 中。但是注意这种方式使用场景很局限,因为 ODPS 的上传的文件资源大小是有限制的,所以数据量太大会导致 UDF 生成的资源太大从而无法上传,而且这种方式最好保证三方包的客户端与服务端的版本一致,否则很有可能出现序列化的问题,所以建议只在数据量非常小的时候使用。

总结

使用 PyODPS 解决笛卡尔积的问题主要分为两种方式,一种是 mapjoin,比较直观,性能好,一般能用 mapjoin 解决的我们都推荐使用 mapjoin,并且最好使用内建函数计算,能到达最高的效率,但是它不够灵活。另一种是使用 DataFrame 自定义函数,比较灵活,性能相对差一点(可以使用 pandas 或者 numpy 获得性能上的提升),通过使用表资源,将小表作为表资源传入 DataFrame 自定义函数中,从而完成笛卡尔积的操作。

作者:继盛

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